隐马尔可夫模型在序列比对和基因预测中的应用

马尔可夫模型由马尔可夫所建立。此模型中，某个事件的发生与其前n个事件的发生有关，并且在状态转移间是存在概率的，这种概率可以根据事件发生情况被推算出来。用公式可以表示为P(xt | x1…xt-1) = P(xi | xt-n…xt-1)，其中n为阶数，一阶则代表每个事件都只与上一个事件的发生有关。 隐马尔可夫模型之所以称为“隐”，是因为在我们可以观测到的符号（在序列比对中即为各种碱基或者氨基酸等）

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