如何利用HMMER鉴定基因家族成员

一般咱们用的都是经过blast比对来肯定咱们须要的家族成员，首先是比对序列，再次是须要目标物种的蛋白序列，来进行比对，一般比对的时候咱们都须要设定e-value值。今天咱们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。

1 、利用软件HMMER进行模型搜索，
软件官网：http://hmmer.org/download.html ，主要用到hmmsearch,已经来自pfam数据库的隐马尔可夫模型。记住模型下载是在pfam数据库中，选择你本身须要的模型便可，如若没有你须要的模型怎么办呢，这时咱们能够本身创建模型，请看图3后一行码。（所用到的数据都上传到网盘了，查看：http://132.232.42.33/?p=59）

二、在pfam数据没有模型的时候，咱们能够利用clustalX2要比对的序列进行比对，而后会陈胜*.aln文件（注：该软件的目标文件必须在桌面才能够添加）。

下载桌面版本：hmmer3.0_windows，将下载下来的版本解压到桌面 文件准备，拟南芥蛋白组数据，来自pfam数据库的模型，模型是怎样肯定的，请参考：http://132.232.42.33/?p=105

将蛋白文件，模型文件放到解压的hmmer文件中

图 1

修改模型文件f—>b：

图 2

win+R-->cmd>cd desktop-->cd hmmer3.0_windows

若是你有Git的话，能够直接在该文件夹右键打开，也是同样的：

图 3

创建模型：

hmmbuild new.hmm *.aln

模型搜索并保存为wrky.txt文件：

图 4

打开wrky.txt文件结果以下：

图 5

如上图就见wrky基因鉴定出来了，若是还要进行下一步分析鉴定。包括多个转录本的状况，任然须要进行手动鉴定。以防出现假。之后得分享我基本上都会把入手的数据所有上传。

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原文出处：https://www.cnblogs.com/smyang/p/12063907.html