plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)

修改正负链用到的参数为--flip

假定trial.bim的内容以下：

trial.bim
1 rs142578063 0 732746 G A
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 T G
1 rs376492866 0 733895 G A

如今要把修改rs14257806三、rs367917297这两个位点的正负链；即rs142578063的G变为C, A变为T，rs367917297的T 变为A, G变为 C, 则须要用到如下命令
/software/plink --bfile trial --flip test.missnp --make-bed --out test

其中，test.missnp的内容以下：

test.missnp
rs142578063
rs367917297

修改后的结果以下：

test.bim
1 rs142578063 0 732746 C T
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 A C
1 rs376492866 0 733895 G A