diCal子程序 stripVcf.py 运行过程出现的错误

  diCal 是一款用来计算近期(10ky)有效群体变化的软件,须要群体数据。当输入是以 vcf 格式表示的 snp 信息时,须要用到软件包提供的子程序,一个名为 stripVcf.py 的python 小脚本。命令很是简单 python stripVcf.py -v input.vcf -o output.striped.vcf, 可是在运行过程当中出现了语法错误提示以下:python

  File "/home/share/user/user103/program/dical/diCal-v1.2/stripVcf.py", line 29
      print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'
                            ^
  SyntaxError: invalid syntaxip

  在相关脚本QQ群咨询得知这是因为 stripVcf.py 这个脚本是2.0版本致使的,如今最新的的 python 已是3.0了。写法发生了一些变化,只要修改几句就好了。具体以下:input

  line29: print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'  -->> print ('mandatory option ' + m + ' is missing\n')io

  line62 and line53: file  -->> open软件

  而后在运行就OK了!file

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