安装gromacs的一些心得

　　这段时间，老师叫我用gromacs算一下一个结构的自由能。没办法，又开始重拾我一年前使用gromacs的记忆。

　　去年国庆的时候，服务器宕机了，重装了系统。请工程师安装了一些平常用的软件，但貌似当时没帮咱们安装上gromacs。再次没办法，只能本身安装一下了。以前服务器崩溃了貌似就是由于老师安装了某个库，而后系统不兼容，就致使系统gg了。加上我这个Linux大白菜，本身安装不禁得缩手缩脚。当时对Linux安装软件真的是一窍不通，不敢乱搞，只能按照网上给的教程一步一步来操做。奈何，仍是太菜，安装了很久没安装好。最后仍是在网上找到了一个比较详细一点的教程才安装好。

　　而又通过了这段时间安装xmgrace的折磨和心得，再从新整理一下gromacs的安装步骤吧。（我安装的是并行计算的版本，若是不想安装这个版本的话，在最后编译那里就不要加 -DGMX_MPI=ON这个选项了）

（这里贴一下我后面找到的那个教程吧https://wenku.baidu.com/view/e583646651e79b89690226f0.html）

 

其实安装步骤也是很是简单的，和我上一个随笔的通常步骤差不太多，就是要安装一些依赖库，以及须要cmake来编译。

话很少说，开始：

①首先，安装gromacs须要cmake3.x才能编译程序，因此，系统没有cmake的，须要安装一下cmake，安装步骤也是很简单，上一个随笔。

②其次，须要用到依赖库快速傅里叶变换库fftw3.3.8，so，系统没有这个库的也须要安装一下。

③上面的两步骤完成以后，注意要配置一下环境变量，修改.bashrc文件添加环境变量，以便方便后续安装。不配置也行，在安装的时候加上选项便可。

④下载gromacs源码包，解压，进入目录，新建build文件夹，进入目录直接就进行编译了。。。用cmake3进行编译，可能在编译的时候直接配置了吧。

　　cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx512 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw338/lib/libfftw3f.so" -DFFTW_INCLUDE_DIR="/opt/fftw338/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/g++ -DGMX_MPI=on

 

 

 上面的命令就是编译命令，第一个选项-DCMAKE_INSTALL_PREFIX是你的安装路径，后一个选项-DFFTWF_LIBRARY是依赖包路径，后一个 -DFFTW_INCLUDE_DIR也是（若是你配置了fftw的环境变量，就不须要加这两个选项了）。后面一个选项-DCMAKE_C_COMPILER貌似还要用到c编译器，加一下c编译器的路径，还有下面一个-DCMAKE_CXX_COMPILER选项c++编译器路径，最后一个选项 -DGMX_MPI是你安装的是mpi版本，也就是并行计算的版本，若是不是安装并行版本，就不要加这个选项，因为我是安装在服务器集群上面的，因此我确定是要并行计算的，否则白白浪费了这服务器集群的计算资源！

⑤编译完成后，安装install

　　make install -j10

上面是利用10个核来编译，其实也不必用这么多，网上教程说，4个核编译，不到10分钟完成。

⑥完成！Done！