GWAS后续分析:LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要做用是能够快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:好比周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著。

下面是locuszoom的示例图:spa

下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制blog

一、进入Locuszoom的主页class

http://locuszoom.org/变量

二、进入Locuszoom的主页后,点击single plot可视化

 

三、按以下图操做sso

第一步:上传关联分析结果的文件,plink格式的话是assoc.logistic或者assoc.linear。注意:这个文件必须是只含SNP位点的GWAS结果,要把协变量的结果去除掉。im

第二步:选择P值所在列的名称,以Plink格式为例,P值所在列的名称为P,也能够点击右方的PLINK dataimg

第三步:同第二步的设置,填写SNP所在的列的名称。di

 

 

​四、指定展现的区域,三选一,能够是SNP,也能够是基因,也能够是区域。文件

五、选择你所研究的群体的基因组版本(hg18/hg19)

EUR表示欧洲,ASN表示亚洲,AMR表示美洲,AFR表示非洲。

六、最后,点击Plot data,而后就等着收图了。

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