新工具DPR的一些想法

一个专门讲聚类的网页课程 - Alexander Strehl 2002-05-03

值得借鉴的一个工具：SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 

1. 如何在一个模型里整合多种距离度量；

2. 方法的数学化；

 

可行性分析

假设

连续性 - 与clustering的假设正好相反

分支事件

 

特征的选择；距离的度量；

限定KNN的必要性；

MST构建；

主支的构建和简化；省略中间点；最短路径；

迭代处理全部分支；统计

投射全部细胞；使用longest branch

root the tree；

 

相对主线的深度的拓展

简化的ggtree；nodes center

 

下游分析

分支的显著性排列，节点数、深度；

branching driving factor

聚类比较

pseudotime比较

 

技术细节：

特征选择

drop out处理

outlier处理

 

拓展：

大规模测序应用，减小算法复杂度；

留好各类接口，便于个性化分析；

方便使用，提升引用率；

敏感性和特异性的平衡；