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微生物测序分析LEfSe
时间 2021-01-13
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LEfse分析定义 LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker); 主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。 运行LEfSe软件主要分三大步骤:第一步:需要把普通的物种、基因等等的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结
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