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蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域经常使用的手段之一，在TCGA项目中，普遍使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。tcp
经过该芯片， 可以有效分析多种标记蛋白在样本中的表达量及其变化趋势，是一种经济高效的肿瘤蛋白质组学研究手段。经过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据，提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心TCPA, 方便科研工做者查看，分析和可视化蛋白质芯片数据。文章发表在nature methods上，连接以下网站
https://www.nature.com/articles/nmeth.2650spa
网站连接以下.net
http://tcpaportal.org/tcpa/3d
数据分红了下图所示的两个部分code
Patient Cohorts用于查看不一样肿瘤样本中的蛋白质芯片数据，Cancer Cell Lines用于查看不一样细胞系中的蛋白质芯片数据。这两个模块的结构是相似的，以肿瘤样本中的蛋白芯片数据为例，分红了4大模块orm
1. summary
这部分展现不一样肿瘤中包含的样本个数，蛋白质种类等信息，示意以下blog
2. My protein
这部分能够查看RPPA芯片上的全部标记蛋白在不一样肿瘤中的表达状况，以箱线图进行展现，示意以下ci
3. Analysis
这部分展现蛋白芯片的数据分析结果，包含了如下3种分析内容
Correlation Analysis
Differential Analysis
Survival Analysis
Correlation Analysis表示两种蛋白间的相关性，结果示意以下
Differential Analysis表示差别分析，结果示意以下
Survival Analysis表示生存分析，结果示意以下
4. Visualization
包含了如下两种可视化方式
Network Visualization
Heatmap Visualization
该网站的数据是能够免费下载的
勾选本身须要下载的数据集便可。经过该网站，能够方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。
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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册（shengxinxiulian）。
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