1 miRNA切割以后mRNA在第十或第十一个碱基产生两个片断,第一个片断是5'帽子结构和3'羧基。3'剪切片断包含自由的5'单磷酸和3'poly(A)尾巴。
2 利用5'adaptor能够与5'单磷酸基团的RNA链接,而缺少5'单磷酸的基团没法链接捕获miRNA的切割产物,随后使用oligo(dt)3'-adapter将连有5'-adaptor的3'切割产物反转录成cDNA,扩增cDNA后,使用限制性内切酶Mme I对PCR产物进行酶切,酶切长度在20-21bp。将酶切后的3'双链DNA adaptor链接并进行PCR扩增,产物凝胶纯化以后,创建一个包含经miRNA切割的3'端剪切片断文库,用于测序。