DNA六元纳米管-续

最后调整出来的在AMBER构建百分之八十的100mM的氯化钠乙醇溶剂的方法： （1）在GROMACS采用insert的方法插入既定数量的乙醇分子和水分子。 （2）百分之八十是质量浓度，别按体积浓度算 （3）等盒子收敛到一定程度的时候，再根据体积算出来要多少氯化钠分子。 （4）由于盒子收敛的时候体积变化太大，会报错： SANDER BOMB in subroutine nonbond-list  

>>阅读原文<<