在Ubuntu中安装R的几种方式总结

近来笔者因为研究须要，开始研究Linux系统，并动手安装了VMware和Ubuntu软件。因缘际会（主要是本身开始入坑Github）发现以前在Windows下安装失败的一个R包bignmf没法安装缘由。 这个包只能在Ubuntu上测试运行。因此以前在windows上根本没法编译和安装。因此笔者打算在Ubuntu上安装R并安装这个包进行使用。 这里简单解释下bignmf包的用处，它是基于Rcpp和RcppEigen两个包，经过底层C++代码调用实现的一个R包，实现的算法是NMF（Nonnegative Matrix Factorization，非负矩阵分解)，做者是爱荷华州立大学的潘岚峰大神。固然R自己自带也有NMF包，不过语法不是很友好的感受，此外最近笔者也发现了另外的能够在windows上运行的NMF的R包，NMF的理论和应用方面，包括bignmf的编译安装，后面有时间会更新（先挖坑），这里不作详细介绍。 回到本篇的主要目的，如何在Ubuntu中安装R。 这里提供三个方法：1.Linux安装软件的广泛方法——命令行；2.新立得软件包；3.从官网下载R语言环境源码，自行编译安装。 1.基于命令行的方法 首先先进入/etc/apt/sources.list，变换软件源，同时进入管理员权限

cd /etc/apt/
gedit sources.list

在最下面添加一行，deb后面的网址是镜像，根据你的喜爱选一个（反正我推荐清华的，速度快，不过以前用厦大的也不错），具体的镜像地址见后面的网址。

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/

https://cran.r-project.org/mirrors.html

而ubuntu xenial则是根据ubuntu版本肯定的。个人是16.04，因此是xenial。具体的看官方说明，文末贴连接。 完了以后先更新下软件源。就能够开始安装R了。若是咱们须要自行编译R包而且安装的话，就须要在安装r-base-dev。不过笔者测试过，3.3.3版本的r-base自带了r-base-dev。因此不须要进行额外安装。

apt-get update
apt-get install r-base
apt-get install r-base-dev

完了以后，官方推荐还能够再加个软件源，是关于R的拓展包的。这里贴出命令的通用格式，能够根据需求替换<>的内容。 也能够添加下载的公共秘钥。

apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
 deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ trusty-backports main restricted universe

完了以后，在命令行里敲入r，出现下面的页面说明安装成功。 2.基于新立得软件管理包 新立得软件管理包是Linux下的神器，能够很方便的管理各种软件和依赖库等（上篇提到的WRF-DA模块编译依赖库有些是用这个安装的，具体过程等介绍WRF安装时补充）。固然一开始我没在个人Ubuntu软件里找到新立得。后面仔细翻了下软件列表。发现了这个软件——Synaptic Package Manager，这个就是新立得软件管理包了。启动它，搜索r-base，如图，右击标记安装，而后应用。 3.基于自行编译的方法 自行编译的方法，笔者没有具体尝试。可是看了下官方文档。大体的流程以下： 官方推荐是组织一个文件夹进行安装，一级文件夹为R_Home，而后把源码解压到R_Home下面，并在下面创建src, doc等多个二级文件夹。 而后回到R_Home文件夹。以管理员身份进入。

./configure
make
make check
make check-all

make check-all是针对所有的编译的（可选），最后在安装便可。

make install

能够改变安装路径

./configure --prefix=/where/you/want/R/to/go
make prefix=/path/to/here install

具体能够见官方文档（连接见文末） 在R装好的状况下，为了写代码方便，推荐安装R最好的IDE，Rstudio。 这边Rstudio的安装就不展开讲了。下载好deb安装文件，直接加命令行安装便可。

dpkg -i rstudio-1.0.136-amd64.deb

在Linux中用Rstudio简单画个散点图。

R语言linux安装官方文档：

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

R语言镜像地址：

https://cran.r-project.org/mirrors.html

R语言linux编译安装官方文档：

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installation