kmeans聚类

Kmeans算法详解及MATLAB实现        html

首先要来了解的一个概念就是聚类,简单地说就是把类似的东西分到一组,同 Classification (分类)不一样,对于一个 classifier ,一般须要你告诉它“这个东西被分为某某类”这样一些例子,理想状况下,一个 classifier 会从它获得的训练集中进行“学习”,从而具有对未知数据进行分类的能力,这种提供训练数据的过程一般叫作 supervised learning (监督学习),而在聚类的时候,咱们并不关心某一类是什么,咱们须要实现的目标只是把类似的东西聚到一块儿,所以,一个聚类算法一般只须要知道如何计算类似 度就能够开始工做了,所以 clustering 一般并不须要使用训练数据进行学习,这在 Machine Learning 中被称做 unsupervised learning (无监督学习)。
  咱们常常接触到的聚类分析,通常都是数值聚类,一种常见的作法是同时提取 N 种特征,将它们放在一块儿组成一个 N 维向量,从而获得一个从原始数据集合到 N 维向量空间的映射——你老是须要显式地或者隐式地完成这样一个过程,而后基于某种规则进行分类,在该规则下,同组分类具备最大的类似性。
  假设咱们提取到原始数据的集合为(x1, x2, …, xn),而且每一个xi为d维的向量,K-means聚类的目的就是,在给定分类组数k(k ≤ n)值的条件下,将原始数据分红k类  S = {S1, S2, …, Sk},在数值模型上,即对如下表达式求最小值: \underset{\mathbf{S}} {\operatorname{arg\,min}} \sum_{i=1}^{k} \sum_{\mathbf x_j \in S_i} \left\| \mathbf x_j - \boldsymbol\mu_i \right\|^2  这里μi 表示分类Si 的平均值。
  那么在计算机编程中,其又是如何实现的呢?其算法步骤通常以下:
一、从D中随机取k个元素,做为k个簇的各自的中心。
二、分别计算剩下的元素到k个簇中心的相异度,将这些元素分别划归到相异度最低的簇。相异度通常用欧氏距离或者马氏距离来运算,距离越小,说明两者之间越类似。
三、根据聚类结果,从新计算k个簇各自的中心,计算方法是取簇中全部元素各自维度的算术平均数。
四、将D中所有元素按照新的中心从新聚类。
五、重复第4步,直到聚类结果再也不变化。
六、将结果输出。
在数据挖掘中,K-Means算法是一种 cluster analysis 的算法,其主要是来计算数据汇集的算法,主要经过不断地取离种子点最近均值的算法。

在数据挖掘中,K-Means算法是一种cluster analysis的算法,其主要是来计算数据汇集的算法,主要经过不断地取离种子点最近均值的算法。前端

问题

K-Means算法主要解决的问题以下图所示。咱们能够看到,在图的左边有一些点,咱们用肉眼能够看出来有四个点群,可是咱们怎么经过计算机程序找出这几个点群来呢?因而就出现了咱们的K-Means算法(Wikipedia连接python

K-Means要解决的问题web

算法概要算法

这个算法其实很简单,以下图所示: 数据库

K-Means 算法概要

从上图中,咱们能够看到,A,B,C,D,E是五个在图中点。而灰色的点是咱们的种子点,也就是咱们用来找点群的点。有两个种子点,因此K=2。apache

而后,K-Means的算法以下:编程

  1. 随机在图中取K(这里K=2)个种子点。
  2. 而后对图中的全部点求到这K个种子点的距离,假如点Pi离种子点Si最近,那么Pi属于Si点群。(上图中,咱们能够看到A,B属于上面的种子点,C,D,E属于下面中部的种子点)
  3. 接下来,咱们要移动种子点到属于他的“点群”的中心。(见图上的第三步)
  4. 而后重复第2)和第3)步,直到,种子点没有移动(咱们能够看到图中的第四步上面的种子点聚合了A,B,C,下面的种子点聚合了D,E)。

这个算法很简单,可是有些细节我要提一下,求距离的公式我不说了,你们有初中毕业水平的人都应该知道怎么算的。我重点想说一下“求点群中心的算法”。api

求距离即相异度的算法

1)Minkowski Distance公式——λ能够随意取值,能够是负数,也能够是正数,或是无穷大。数组

2)Euclidean Distance公式——也就是第一个公式λ=2的状况

3)CityBlock Distance公式——也就是第一个公式λ=1的状况

这三个公式的求中心点有一些不同的地方,咱们看下图(对于第一个λ在0-1之间)。

(1)Minkowski Distance     (2)Euclidean Distance    (3) CityBlock Distance

上面这几个图的大意是他们是怎么个逼近中心的,第一个图以星形的方式,第二个图以同心圆的方式,第三个图以菱形的方式。

K-Means的演示

若是你以”K Means Demo“为关键字到Google里查你能够查到不少演示。这里推荐一个演示:http://home.dei.polimi.it/matteucc/Clustering/tutorial_html/AppletKM.html

操做是,鼠标左键是初始化点,右键初始化“种子点”,而后勾选“Show History”能够看到一步一步的迭代。

注:这个演示的连接也有一个不错的K Means Tutorial

K-Means++算法

K-Means主要有两个最重大的缺陷——都和初始值有关:

  • K是事先给定的,这个K值的选定是很是难以估计的。不少时候,事先并不知道给定的数据集应该分红多少个类别才最合适。(ISODATA算法经过类的自动合并和分裂,获得较为合理的类型数目K)
  • K-Means算法须要用初始随机种子点来搞,这个随机种子点过重要,不一样的随机种子点会有获得彻底不一样的结果。(K-Means++算法能够用来解决这个问题,其能够有效地选择初始点)

我在这里重点说一下K-Means++算法步骤:

  1. 先从咱们的数据库随机挑个随机点当“种子点”。
  2. 对于每一个点,咱们都计算其和最近的一个“种子点”的距离D(x)并保存在一个数组里,而后把这些距离加起来获得Sum(D(x))。
  3. 而后,再取一个随机值,用权重的方式来取计算下一个“种子点”。这个算法的实现是,先取一个能落在Sum(D(x))中的随机值Random,而后用Random -= D(x),直到其<=0,此时的点就是下一个“种子点”。
  4. 重复第(2)和第(3)步直到全部的K个种子点都被选出来。
  5. 进行K-Means算法。

相关的代码你能够在这里找到“implement the K-means++ algorithm”(墙)另,Apache的通用数据学库也实现了这一算法

K-Means算法应用

看到这里,你会说,K-Means算法看来很简单,并且好像就是在玩坐标点,没什么真实用处。并且,这个算法缺陷不少,还不如人工呢。是的,前面的例子只是玩二维坐标点,的确没什么意思。可是你想一下下面的几个问题:

1)若是不是二维的,是多维的,如5维的,那么,就只能用计算机来计算了。

2)二维坐标点的X,Y 坐标,实际上是一种向量,是一种数学抽象。现实世界中不少属性是能够抽象成向量的,好比,咱们的年龄,咱们的喜爱,咱们的商品,等等,能抽象成向量的目的就是可让计算机知道某两个属性间的距离。如:咱们认为,18岁的人离24岁的人的距离要比离12岁的距离要近,鞋子这个商品离衣服这个商品的距离要比电脑要近,等等。

只要能把现实世界的物体的属性抽象成向量,就能够用K-Means算法来归类了

在《k均值聚类(K-means)》 这篇文章中举了一个很不错的应用例子,做者用亚洲15支足球队的2005年到1010年的战绩作了一个向量表,而后用K-Means把球队归类,得出了下面的结果,呵呵。

  • 亚洲一流:日本,韩国,伊朗,沙特
  • 亚洲二流:乌兹别克斯坦,巴林,朝鲜
  • 亚洲三流:中国,伊拉克,卡塔尔,阿联酋,泰国,越南,阿曼,印尼

其实,这样的业务例子还有不少,好比,分析一个公司的客户分类,这样能够对不一样的客户使用不一样的商业策略,或是电子商务中分析商品类似度,归类商品,从而可使用一些不一样的销售策略,等等。

最后给一个挺好的算法的幻灯片:http://www.cs.cmu.edu/~guestrin/Class/10701-S07/Slides/clustering.pdf

下面是个人MATLAB代码,效果不是特别好,可能须要改进,由于找中心的方式有好多种,这种方式可能会出现最终找不到最好的中心点的状况:

主函数:

 

另外,MATLAB中有自带的kmeans函数,能够直接使用:

 

 

K-means聚类算法采用的是将N*P的矩阵X划分为K个类,使得类内对象之间的距离最大,而类之间的距离最小。

使用方法:

Idx=Kmeans(X,K)

[Idx,C]=Kmeans(X,K)

[Idc,C,sumD]=Kmeans(X,K)

[Idx,C,sumD,D]=Kmeans(X,K)

各输入输出参数介绍:

X---N*P的数据矩阵

K---表示将X划分为几类,为整数

Idx---N*1的向量,存储的是每一个点的聚类标号

C---K*P的矩阵,存储的是K个聚类质心位置

sumD---1*K的和向量,存储的是类内全部点与该类质心点距离之和

D---N*K的矩阵,存储的是每一个点与全部质心的距离

[┈]=Kmeans(┈,’Param1’,’Val1’,’Param2’,’Val2’,┈)

其中参数Param一、Param2等,主要能够设置为以下:

一、’Distance’---距离测度

‘sqEuclidean’---欧氏距离

‘cityblock’---绝对偏差和,又称L1

‘cosine’---针对向量

‘correlation’---针对有时序关系的值

‘Hamming’---只针对二进制数据

二、’Start’---初始质心位置选择方法

   ‘sample’---从X中随机选取K个质心点

‘uniform’---根据X的分布范围均匀的随机生成K个质心

‘cluster’---初始聚类阶段随机选取10%的X的子样本(此方法初始使用’sample’方法)

Matrix提供一K*P的矩阵,做为初始质心位置集合

三、’Replicates’---聚类重复次数,为整数

使用案例:

data= 5.0 3.5 1.3 0.3 -1 5.5 2.6 4.4 1.2 0 6.7 3.1 5.6 2.4 1 5.0 3.3 1.4 0.2 -1 5.9 3.0 5.1 1.8 1 5.8 2.6 4.0 1.2 0

 

[Idx,C,sumD,D]=Kmeans(data,3,’dist’,’sqEuclidean’,’rep’,4)

 

运行结果:

Idx =      1      2      3      1      3      2
C =     5.0000    3.4000    1.3500   0.2500   -1.0000     5.6500    2.6000    4.2000   1.2000         0 6.3000    3.0500    5.3500    2.1000   1.0000
sumD =     0.0300     0.1250     0.6300
D =     0.0150   11.4525   25.5350    12.0950    0.0625    3.5550    29.6650    5.7525    0.3150     0.0150   10.7525   24.9650    21.4350    2.3925    0.3150    10.2050    0.0625    4.0850

http://www.cnblogs.com/hxsyl/p/4054583.html  这个连接里面有更加详细的使用MATLAB自带的kmeans函数的案例,能够参考。kmeans算法找中心的方式有不少种,须要综合考虑算法的效率和效果去进行选择。

另外这个连接里面讲kmeans和kmeans++都很是好,还有MATLAB和python的代码:http://www.jb51.net/article/49395.htm,看完了这个里面的内容,kmeans和kmeans++ 的MATLAB和python实现就都懂了,强力推荐

 

下面是python中实现kmeans++的程序,在以前给的链接里也有:

 

from math import pi, sin, cos from collections import namedtuple from random import random, choice from copy import copy   try: import psyco psyco.full() except ImportError: pass     FLOAT_MAX = 1e100     class Point: __slots__ = ["x", "y", "group"] def __init__(self, x=0.0, y=0.0, group=0): self.x, self.y, self.group = x, y, group     def generate_points(npoints, radius): points = [Point() for _ in xrange(npoints)]   # note: this is not a uniform 2-d distribution for p in points: r = random() * radius ang = random() * 2 * pi p.x = r * cos(ang) p.y = r * sin(ang)   return points     def nearest_cluster_center(point, cluster_centers): """Distance and index of the closest cluster center""" def sqr_distance_2D(a, b): return (a.x - b.x) ** 2 + (a.y - b.y) ** 2   min_index = point.group min_dist = FLOAT_MAX   for i, cc in enumerate(cluster_centers): d = sqr_distance_2D(cc, point) if min_dist > d: min_dist = d min_index = i   return (min_index, min_dist)     def kpp(points, cluster_centers): cluster_centers[0] = copy(choice(points)) d = [0.0 for _ in xrange(len(points))]   for i in xrange(1, len(cluster_centers)): sum = 0 for j, p in enumerate(points): d[j] = nearest_cluster_center(p, cluster_centers[:i])[1] sum += d[j]   sum *= random()   for j, di in enumerate(d): sum -= di if sum > 0: continue cluster_centers[i] = copy(points[j]) break   for p in points: p.group = nearest_cluster_center(p, cluster_centers)[0]     def lloyd(points, nclusters): cluster_centers = [Point() for _ in xrange(nclusters)]   # call k++ init kpp(points, cluster_centers)   lenpts10 = len(points) >> 10   changed = 0 while True: # group element for centroids are used as counters for cc in cluster_centers: cc.x = 0 cc.y = 0 cc.group = 0   for p in points: cluster_centers[p.group].group += 1 cluster_centers[p.group].x += p.x cluster_centers[p.group].y += p.y   for cc in cluster_centers: cc.x /= cc.group cc.y /= cc.group   # find closest centroid of each PointPtr changed = 0 for p in points: min_i = nearest_cluster_center(p, cluster_centers)[0] if min_i != p.group: changed += 1 p.group = min_i   # stop when 99.9% of points are good if changed <= lenpts10: break   for i, cc in enumerate(cluster_centers): cc.group = i   return cluster_centers     def print_eps(points, cluster_centers, W=400, H=400): Color = namedtuple("Color", "r g b");   colors = [] for i in xrange(len(cluster_centers)): colors.append(Color((3 * (i + 1) % 11) / 11.0, (7 * i % 11) / 11.0, (9 * i % 11) / 11.0))   max_x = max_y = -FLOAT_MAX min_x = min_y = FLOAT_MAX   for p in points: if max_x < p.x: max_x = p.x if min_x > p.x: min_x = p.x if max_y < p.y: max_y = p.y if min_y > p.y: min_y = p.y   scale = min(W / (max_x - min_x), H / (max_y - min_y)) cx = (max_x + min_x) / 2 cy = (max_y + min_y) / 2   print "%%!PS-Adobe-3.0\n%%%%BoundingBox: -5 -5 %d %d" % (W + 10, H + 10)   print ("/l {rlineto} def /m {rmoveto} def\n" + "/c { .25 sub exch .25 sub exch .5 0 360 arc fill } def\n" + "/s { moveto -2 0 m 2 2 l 2 -2 l -2 -2 l closepath " + " gsave 1 setgray fill grestore gsave 3 setlinewidth" + " 1 setgray stroke grestore 0 setgray stroke }def")   for i, cc in enumerate(cluster_centers): print ("%g %g %g setrgbcolor" % (colors[i].r, colors[i].g, colors[i].b))   for p in points: if p.group != i: continue print ("%.3f %.3f c" % ((p.x - cx) * scale + W / 2, (p.y - cy) * scale + H / 2))   print ("\n0 setgray %g %g s" % ((cc.x - cx) * scale + W / 2, (cc.y - cy) * scale + H / 2))   print "\n%%%%EOF"     def main(): npoints = 30000 k = 7 # # clusters   points = generate_points(npoints, 10) cluster_centers = lloyd(points, k) print_eps(points, cluster_centers)     main()

 

    另外,python中,Scikit-learn 中有一个 K-Means implementation that uses k-means++ by default. 能够直接调用python中的包去用kmeans,这个网站里面的就是http://my.oschina.net/u/175377/blog/84420,能够找到各类分类的工具包,很是好,里面的kmeans算法就是用Kmeans++去初始化开始的中心点的。学习的时候能够本身去尝试编一下,可是了解了算法的具体实现之后仍是调别人的更加方便简单高效。

python代码:

from sklearn import cluster import numpy as np import random #def genMatrix(rows,cols):  #产生一个随机的二维数组 #    matrix =[[random.uniform(0,1) for col in range(cols)]  for row in range(rows)]   #    return matrix #matrix=genMatrix(2,3)  #自定义的数组产生,不过array更好用 #m=np.array([random.uniform(0,1) for i in range(15)]) #m=m.reshape(3,5,1)   #m.shape  #m.shape[0]  #m.shape[1] #m.shape[2]        data1=np.array([random.uniform(0,1) for i in range(0,30)]) data2=np.array([random.uniform(10,20) for i in range(0,30)]) data3=np.array([random.uniform(20,30) for i in range(0,30)]) data=np.array([data1,data2,data3]) k_means = cluster.KMeans(3)#函数在使用的时候是每一行表明一个数据
k_means.fit(data)  print k_means.labels_

5         0           
                                                                                                             
                     

 


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