EIGENSTRAT计算PCA的显著性

以前我写过一篇文章群体遗传分析分层校订，该选用多少个PCA?，里面提到能够经过EIGENSTRAT软件肯定显著的主成分，后续就能够将显著的主成分加入协变量中。

这篇文章主要是讲如何经过EIGENSTRAT软件肯定显著的主成分。

1下载安装EIGENSTRAT

1.1 下载

下载地址：https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

1.2 安装

tar zxvf EIG-6.1.4.tar.gz

2 PCA计算

能够用plink计算PCA，也能够用EIGENSTRAT。

PLINK计算PCA比较简便，我的比较推荐PLINK。

以前已经介绍过怎么用PLINK计算PCA了，这里就再也不赘述。

3 肯定显著PCA数量

下面讲一下怎么用EIGENSTRAT肯定多少个PCA被归入协变量中。

3.1 若是是用EIGENSTRAT计算获得的PCA

用EIGENSTRAT计算获得后缀为.eval的文件后，使用以下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.out

3.2 若是是用PLINK计算获得的PCA

用PLINK计算的PCA获得后缀为.eigenval的文件后，使用以下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.out

3.3 结果解读

假定生成的eigenvaltw.out以下：

这张图里前三个PCA的P值小于0.05，说明作关联分析的时候要把前三个PCA加入协变量中。