r与java整合（转）

http://jliblog.com/archives/10

R是统计计算的强大工具，而JAVA是作应用系统的主流语言，二者自然具备整合的须要。关于整合，一方面，R中能够建立JAVA对象调用JAVA方法，另外一方面，JAVA中能够转换R的数据类型调用R的函数，互相取长补短。如今也有一个项目JGR，用JAVA作R的图形界面，能够实现高亮显示自动补全等，还能让JAVA和R互相调用。

　　关于R中调用JAVA，我想主要是为了利用其面向对象的特性，毕竟R语言近来很致力于向面向对象发展，有个很好的项目rJava能够实现，在www.rforge.net/rJava上。R中调JAVA对我彷佛意义不大，本文主要介绍JAVA中调用R。全部测试都在Windows XP、R2.10.1和JDK1.6下完成。

　　JAVA很适合开发应用系统，可是数学建模和计算能力非其所长，若是该系统须要进行大量的统计或者优化的计算，调用R是一种很好的方式。JAVA负责系统的构建，R用来作运算引擎，从而实现应用型和分析性相结合的系统。

　　首先要介绍的是Rserve的方式，这是一个基于TCP/IP的服务器，经过二进制协议传输数据，能够提供远程链接，使得客户端语言可以调用R。目前Rserve做为一个package发布在CRAN上，能够直接使用install.packages("Rserve")进行安装。须要使用时在R控制台下加载该包，而后输入命令Rserve()，开启服务器，就能够供客户端调用。

　　其客户端能够有多种，这里只介绍JAVA客户端。最先的客户端包是JRclient，在www.rosuda.org/Rserve上还能够下载到，可是如今该项目所有移到了www.rforge.net/Rserve，使用REngine做客户端（和JRI一致），在该网站下能够下载到REngine.jar和RserveEngine.jar两个文件。若是用eclipse开发的话，在工程属性中导入这两个外部的jar包，就能够正常使用了。

　　一个简单的例子：

public class rtest {
　　public static void main(String[] args) throws REXPMismatchException,　REngineException {
  　　RConnection c = new RConnection();
  　　REXP x = c.eval("R.version.string");
  　　System.out.println(x.asString());
　　}
}

　首先创建一个新的链接，而后就可使用eval之类的方法将R中的表达式传到服务器端，经过R求值后传回JAVA中REXP类型的变量，而后打印出来，整个过程很是简单。因为不须要对R进行初始化，所以速度会比较快。在其余系统下能够同时创建多个链接，可是在Windows下只容许同时打开一个链接，后续的链接都会共有相同的命名空间。官网上不建议在Windows下使用Rserve，由于会丧失不少性能，他们推荐能够考虑DCOM的方式。不过DCOM那个工程没有现成的jar包可用，其实若是是拿R作分析系统中的运算引擎，单链接够用了。

　　另外一种方式是JRI，全名是Java/R Interface，这是一种彻底不一样的方式，经过调用R的动态连接库从而利用R中的函数等。目前该项目已经成了rJava的子项目，再也不提供单独的JRI的版本。所以使用时简单地经过install.packages("rJava")安装rJava就行，在安装文件夹中，能够看到一个jri的子文件夹，里面有自带的例子能够用来测试。

　　装好后要修改系统的环境变量，在PATH中添加%R_HOME%bin和%R_HOME%libraryrJavajri，注意R_HOME的路径要正确，重启系统使之生效。使用时一样在eclipse里导入外部的jar包（在www.rforge.net/rJava下载JRI.jar、REngine.jar和JRIEngine.jar这三个文件），在rJava包安装目录下的jriexamples里有现成的例子（rtest.java和rtest2.java），能够测试是否成功。

　　以前个人电脑上一直存在一个很奇怪的问题，测试第一个例子时在“Creating Rengine (with arguments)”的时候就停住了，第二个例子中一个JAVA框很快闪一下就消失了，控制台中没有任何提示。打开JGR也是一闪即逝。在网上查了好久，只有一个印度哥们也遇到过相似的问题，并且没有找到解决办法。估计应该是实现RMainLoopCallbacks时出了问题，可是找不到缘由，后来卸载了R2.9.0重装了R2.10.1，而且经过install.packages安装，终于没问题了，多是主程序和Package之间的版本冲突，之后记住所有用install.packages来安装package了。

　　关于客户端服务器的方式和动态连接库的方式，各有所长，按照须要选用。我的经验，无论使用哪一种方式，设计时尽可能少进行频繁的数据的交互，在逻辑上把系统和计算分开，使得R成为一个纯粹的运算引擎。