转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953算法
一、OTU是什么？数据库
OTU（operational taxonomic units），即操做分类单元。经过必定的距离度量方法计算两两不一样序列之间的距离度量或类似性，继而设置特定的分类阈值，得到同一阈值下的距离矩阵，进行聚类操做，造成不一样的分类单元。专业解释太书面很差理解？没事儿，给你举个“栗子”就明白了！url
二、OTU在16S测序中有何用？spa
高通量测序获得的16S序列有成千上万条，若是对每条序列都进行物种注释的话，工做量大、耗时长，并且16S扩增、测序等过程当中出现的错误会下降结果的准确性。在16S分析中引入OTU，首先对类似性序列进行聚类，分红数量较少的分类单元，基于分类单元进行物种注释。这不只简化工做量，提升分析效率，并且OTU在聚类过程当中会去除一些测序错误的序列，提升分析的准确性。.net
三、OTU如何聚类？3d
OTU聚类的方法多种多样，如Uclust、cd-hit、BLAST、mothur、usearch和 prefix/suffix，这些聚类方法都可以在QIIME软件中实施。不一样聚类方法基于不一样的算法，获得的聚类结果虽然不一样，可是大致的聚类流程都是一致的：cdn
舒适提示：嵌合体序列是RCR扩增时，两条不一样的序列产生杂交、扩增的序列。blog
四、OTU跟物种的关系get
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OTU聚类后，挑选出每一个OTU中的表明序列，与RDP、Sliva或GreenGene等数据库进行比对，进行物种注释。it
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OTU和物种是映射关系，它们一一对应或多对一，以下图所示。
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在上图中，A、B、C分别表示OTU 一、OTU m和OTU n中有A、B、C条reads，假设OTU 1和OTU m比对到物种1，那么物种1的丰度是A+B；同理假设OTU n比对到物种2，物种2的丰度是C。