实战Mahout聚类算法Canopy+K-means

     Mahout是Apache的顶级开源项目，它由Lucene衍生而来，且基于Hadoop的，对处理大规模数据的机器学习的经典算法提供了高效的实现。其中，对经典的聚类算法即提供了单机实现，同时也提供了基于hadoop分布式的实现，都是很是好的学习资料。

聚类分析

     聚类（Clustering）能够简单的理解为将数据对象分为多个簇（Cluster），每一个簇 里的全部数据对象具备必定的类似性，这样一个簇能够看多一个总体对待，以此能够提升计算质量或减小计算量。而数据对象间类似性的衡量有很多经典算法能够用，但它们所需的数据结构基本一致，那就是向量；常见的有 欧几里得距离算法、余弦距离算法、皮尔逊相关系数算法等，Mahout对此都提供了实现，而且你能够在实现本身的聚类时，经过接口切换不一样的距离算法。

数据模型

     在Mahout的聚类分析的计算过程当中，数据对象会转化成向量（Vector）参与运算，在Mahout中的接口是org.apache.mahout.math.Vector  它里面每一个域用一个浮点数（double）表示，你能够经过继承Mahout里的基类如：AbstractVector来实现本身的向量模型，也能够直接使用一些它提供的已有实现以下：

    1. DenseVector，它的实现就是一个浮点数数组，对向量里全部域都进行存储，适合用于存储密集向量。

    2. RandomAccessSparseVector 基于浮点数的 HashMap 实现的，key 是整形 (int) 类型，value 是浮点数(double) 类型，它只存储向量中不为空的值，并提供随机访问。

    3. SequentialAccessVector 实现为整形 (int) 类型和浮点数 (double) 类型的并行数组，它也只存储向量中不 为空的值，但只提供顺序访问。

聚类算法K-means与Canopy

       首先介绍先K-means算法：全部作聚类分析的数据对象，会被描述成n为空间中的一个点，用向量（Vector）表示；算法开始会随机选择K个点，做为一个簇的中心，而后其他的点会根据它与每一个簇心的距离，被分配到最近簇中去；接着以迭代的方式，先从新计算每一个簇的中心（经过其包含的全部向量的平均值），计算完成后对全部点属于哪一个簇进行从新划分；一直如此迭代直到过程收敛；可证实迭代次数是有限的。

       虽然K-means简单且高效，但它存在必定问题，首先K值（即簇的数量）是人为肯定的，在对数据不了解的状况下，很难给出合理的K值；其次初始簇心的选择是随机的，若选择到了较孤立的点，会对聚类的效果产生很是大的影响。所以一般会用Canopy算法配合，进行初始化，肯定簇数以及初始簇心。

       Canopy算法首先会要求输入两个阀值 T1和T2，T1>T2；算法有一个集群这里叫Canopy的集合（Set），固然一开始它是空的；而后会将读取到的第一个点做为集合中的一个Canopy，接着读取下一个点，若该点与集合中的每一个Canopy计算距离，若这个距离小于T1，则这个点会分配给这个Canopy（一个点能够分配给多个Canopy），而当这个距离小于T2时这个点不能做为一个新的Canopy而放到集合中。也就是说当一个点只要与集合中任意一个Canopy的距离小于T2了，即表示它里那个Canopy太近不能做为新的Canopy。若都没有则生成一个新的Canopy放入集合中。以此循环，直到没有点了。

       因此这里用到的聚类分析算法的思路是：首先经过Canopy算法进行聚类，以肯定簇数以及初始簇心的，接着经过K-means算法进行迭代运算，收敛出最后的聚类结果。接下来咱们看看实现。

实战

       首先须要Java的环境不用多说，我这用的JDK1.6；同时还须要搭建Hadoop分布式系统，网上有不少帖子，这里也不细讲，个人版本是2.0.2。

       接着是安装Mahout，你能够经过svn获取 http://svn.apache.org/repos/asf/mahout/trunk 但须要有maven的支持，你也能够直接下载源码 http://www.apache.org/dyn/closer.cgi/mahout/ 。推荐使用svn的方式；我这里经过svn获取源码后，经过Maven进行编译，生成以下项目：

       简单说明下：  mahout-core：核心程序模块；mahout-math：在核心程序中使用的一些数据通用计算模块；mahout-utils：在核心程序中使用的一些通用的工具性模块；最后 mahout-examples 是Mahout提供的一些实现的例子，可做为使用Mahout进行编程的很是好的参考，咱们的例子也从这里来。

      在 mahout-examples 中的 org.apache.mahout.clustering.syntheticcontrol.kmeans.Job类，对上述算法提供了较完整的实现，它是一个Hadoop的job，咱们从源代码入手，看如何将实际的数据跑起来。下面是该类的核心逻辑代码：

public static void run(Configuration conf, Path input, Path output,
                         DistanceMeasure measure, double t1, double t2, double convergenceDelta,
                         int maxIterations)
          throws Exception{
    Path directoryContainingConvertedInput = new Path(output,
        DIRECTORY_CONTAINING_CONVERTED_INPUT);
    log.info("Preparing Input");
    InputDriver.runJob(input, directoryContainingConvertedInput,
        "org.apache.mahout.math.RandomAccessSparseVector");
    log.info("Running Canopy to get initial clusters");
    CanopyDriver.run(conf, directoryContainingConvertedInput, output, measure,
        t1, t2, false, false);
    log.info("Running KMeans");
    KMeansDriver.run(conf, directoryContainingConvertedInput, new Path(output,
        Cluster.INITIAL_CLUSTERS_DIR), output, measure, convergenceDelta,
        maxIterations, true, false);
    // run ClusterDumper
    ClusterDumper clusterDumper = new ClusterDumper(finalClusterPath(conf,
        output, maxIterations), new Path(output, "clusteredPoints"));
    clusterDumper.printClusters(null);
  }

       这个例子中调用了3个Map/Reduce 任务以及一个转换，它们以下：

       1. 第8行： InputDriver.runJob ( ) ，它用于将原始数据文件转换成 Mahout进行计算所需格式的文件 SequenceFile，它是Hadoop API提供的一种二进制文件支持。这种二进制文件直接将<key, value>对序列化到文件中。

       2. 第11行：CanopyDriver.run( ) ， 即用Canopy算法肯定初始簇的个数和簇的中心。

       3.  第14行：KMeansDriver.run( ) ， 这显然是K-means算法进行聚类。

       4. 第18~20行，ClusterDumper类将聚类的结果装换并写出来，若你了解了源代码，你也能够本身实现这个类的功能，由于聚类后的数据存储格式，每每跟自身业务有关。 

         这里细讲下第一个Map/Reduce： InputDriver.runJob ( )由于咱们须要了解，初始数据的格式，其余的任务CanopyDriver.run( )和KMeansDriver.run( )任务就不细讲了，主要就是Canopy和K-means算法，原理已经介绍了，实现也不难，须要你了解hadoop编程。

      InputDriver.runJob( )实现也很是简单，它只有Map，其代码以下：

@Override
  protected void map(LongWritable key, Text values, Context context) throws IOException, InterruptedException {

    String[] numbers = SPACE.split(values.toString());
    // sometimes there are multiple separator spaces
    Collection<Double> doubles = Lists.newArrayList();
    for (String value : numbers) {
      if (!value.isEmpty()) {
        doubles.add(Double.valueOf(value));
      }
    }
    // ignore empty lines in data file
    if (!doubles.isEmpty()) {
      try {
        Vector result = (Vector) constructor.newInstance(doubles.size());
        int index = 0;
        for (Double d : doubles) {
          result.set(index++, d);
        }
        VectorWritable vectorWritable = new VectorWritable(result);
        context.write(new Text(String.valueOf(index)), vectorWritable);

      } catch (InstantiationException e) {
        throw new IllegalStateException(e);
      } catch (IllegalAccessException e) {
        throw new IllegalStateException(e);
      } catch (InvocationTargetException e) {
        throw new IllegalStateException(e);
      }
    }
  }

      由代码能够看出，它将你初始数据文件的每一行用空格切开成个 String[] numbers ，而后再将 numbers中的每一个String转换成Double类型，并以今生成一个向量 Vector ，而后经过 SequenceFileOutputFormat的方式输出成SequenceFile，以做下一步计算的输入。由此咱们能够了解到咱们的初始数据的格式须要 以一行为一个单位，用空格分隔，每一列为一个Double数便可（固然你也能够反过来修改例子中的实现）。

       如此准备好初始数据后，咱们将mahout-examples 编译并打成jar ，若你有用maven的话，它会自动帮你加载其所依赖的jar，若没用，请确保很多jar，而后将该jar包放到搭建了hadoop环境的服务器上（Linux操做系统），我没更名字，jar包叫mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar。

      好了，一切准备就绪，咱们能够在服务器上运行以下命令，来运行聚类任务：

hadoop jar ../mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar org.apache.mahout.clustering.syntheticcontrol.kmeans.Job
    -i <数据输入路径> \
    -o <数据输出路径> \
    -k <K值> \
    -cl <是否先使用Canopy 算法初始化 true or false>
    -t1 <Canopy中的T1值>
    -t2 <Canopy中的T2值>
    -xm <执行方式: sequential（单机运行） or mapreduce（分布式）>

       在运行完成以后，数据因为是SequenceFile存储还没法查看，须要使用 Mahout 的 ClusterDump 程序转储聚类质心（和相关的点）。最终结果将存储在 kmeans 目录下名称以 clusters- 开头、以 -final 结尾的子目录中。具体的值将取决于运行任务使用了多少次迭代，例如 clusters-2-final 是第三次迭代的输出结果。可执行下面命令进行转换。

hadoop jar /soft/mahout/mahout/examples/target/mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar org.apache.mahout.utils.clustering.ClusterDumper -i ..(上一步的输出路径)/clusters-2-final/ --pointsDir ..(上一步输出路径)/clusteredPoints  -o <要保持的文件名>

       最后你就能够在你指定的文件中查看聚类分析结果了。

参考资料：

https://cwiki.apache.org/confluence/display/MAHOUT/K-Means+Clustering

https://cwiki.apache.org/confluence/display/MAHOUT/Canopy+Clustering

http://www.ibm.com/developerworks/cn/java/j-mahout-scaling/

http://www.ibm.com/developerworks/cn/web/1103_zhaoct_recommstudy3/

《Mahout in action》

https://cwiki.apache.org/MAHOUT/cluster-dumper.html

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