具备相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每一个KO 表明具体的一个功能。在生命活动中，每每须要多个功能单位共同发挥做用，好比多个蛋白质构成复合体来发挥调控做用，此时多个KO就整合在了一块儿。这个例子说明在KO 之上，必然还存在一个分类系统，将参与同一过程的多个KO划分在一块儿。实际上，KEGG Module 数据库就是存储这种信息的数据库。数据库
KEGG Module 数据库中的每条记录表明一个功能单元，是多个KO的集合,叫作kegg module, 经过大写字母M和数字进行标识；微信
module 数据库包含如下4大类别的功能：spa
pathway modules.net
structural complexescode
functional setsblog
signature modules图片
更加详细的分类信息能够在brite 数据库中找到，见如下连接get
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00002.kegit
和pathway 相似，对于每条module 的记录，都有一张对应的图片，叫作module map。io
M0002对应的map 以下图
结合其详细信息，咱们来理解下module 的构成
从Definition 字段的信息，咱们能够看到每一个Module 有多个KO 构成，那么这些KO 之间有什么样的关系呢，这就要从definition 字段的定义提及！
被空白分隔的每一个字段叫作1个block, M0002 能够分红如下5个主要的block
K01803
((K00134,K00150) K00927,K11389)
(K01834,K15633,K15634,K15635)
K01689
(K00873,K12406)
在这里，空格表明的是逻辑与 AND 的关系，表示这5个block 一块儿发挥做用；
在(K01834,K15633,K15634,K15635) block 中，逗号表明逻辑或OR的关系，任何一个KO均可以起到这个blcok的做用。
注意在 ((K00134,K00150) K00927,K11389) 中同时出现了逗号和空格，为了正确区分，还使用了圆括号。圆括号内为1个block, 因此K00134,K00150 为1个block, 这个block 和 K00927 用空白分隔，因此是AND关系，而逗号链接的是(K00134,K00150) K00927 和 K11389 两个block。 因此这个block对应的map 就是上图展现的那样。理解了definition 字段的信息，不难发现根据该字段的信息，能够计算出这个module 对应的map。
除了空格和逗号以外，definition 还会出现 +， - 。好比((K01878+K01879),K14164,K01880), 加号表明两个KO一块儿做为一个block发挥做用，对应的map 图为
减号表明可选项的意思，表示这个block无关紧要。好比K01866 K01873 -K07587 -K11627 -K01884。减号链接的block 虽然无关紧要，可是在map图中仍是会出现的。
因为module 由KO 发展而来，因此module 也是跨物种的概念。对于每一个物种而言，也有该物种对应的module, 好比M0000 在human中对应的记录为hsa_M00002；
在物种的module 中，根据包含的block的个数，能够划分红两类
complete module, 包含reference module 中全部的block;
incomplete module , 只缺乏了1个或者2个block;
在物种对应的module map 中，会对该物种对应的KO高亮显示
总结
KEGG Module 数据库是对KO的整合，每一个module 表明1个功能单元，是多个KO的集合；
Module 由block 构成，definition 字段的信息须要理解空格，逗号，加号，减号的不一样含义，根据definition 字段的信息能够计算获得module map;
3.module 是跨物种的概念，最原始的叫作reference module, 定义了block的数量； 物种对应的module 根据包含的block的完整性，能够分为complete module 和 incomplete module; 在物种对应的module map 中，对应的KO会高亮显示
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