KEGG Brite 数据库

KEGG被称为京都基因组百科全书，是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库，确定须要对数据进行分门别类的整理。除了将各类数据拆分到不一样的子数据库中以外，KEGG还对全部的数据进行了更加细致的功能分类，这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。html

birte 主要包含如下五大类别的分类信息：java

在brite数据库中，以文件的形式存储分类信息。包含两种格式的文件:网络

htext 文件，好比kegg orthology 的分类

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00000.keg

提供了两种格式的文件用于下载，htext 对应的后缀为 keg， json 对应json。

json 格式是网络数据传说的新标准，主要用于程序解析；`keg 文件是纯文本文件，能够用文本编辑器打开。

以全部ko的分类文件 ko00000.keg 文件为例：

分类层级按照字母顺序排列，示例文件中A 为第一级分类，B, C, D 依次为第二级。

咱们能够直观的看到 K00844 属于Glycolysis / Gluconeogenesis 这个分类，对应的更上一级的分类为Carbohydrate metabolism，再上一级为 Metabolism。

keg 文件格式仍是很是容易理解的，可是使用起来不够直观，当咱们想要查询某个KO的具体分类时，若是和这个KO处于同一分类的节点太多时，须要往上翻阅不少行，才能找到对应的分类；有时一不当心就翻过了，就会搞错。

固然能够经过程序格式化这个文件，好比将这个文件变成以下的格式：

KO	Name	C	B	A
K00844	HK…	Glycolysis…	Carbo..bolism	Metabolism

这样方便查看条目的详细分类信息；

对于没有编程基础的人来讲，kegg 提供了keggHier 程序，专门用于查看brite中的分类信息。软件是用java 开发的，提供了图形界面，简单易用；

下载地址 :

http://www.kegg.jp/kegg/download/kegtools.html

使用方法

双加批处理文件启动
从菜单栏点击File按钮，选择导入kegg网站上的数据
这里选择第一个kegg pathway map 的分类结构，进行查看

向下的三角形表示展开的意思，这里有3个，说明pathway 共有3层分类，鼠标能够点击任意一条记录，能够展开详细信息；
右上角的搜索框能够搜索，经过搜索框能够快速查找你感兴趣的记录

总结：

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册（shengxinxiulian）。
若有侵权，请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”，欢迎正在阅读的你也加入，一块儿分享。