确定RNA-seq链特异性

当需要确定链特异性时,可如下操作,需要安装bedops, rseqc两个程序。 安装bedops, rseqc Conda install bedops Conda install rseqc 将比对过程中使用的gtf文件转为12列的bed文件 在bedops中有gtf2bed可以将gft转换为12列的bed文件。 输入命令: gtf2bed < Mus_musculus.GRCm38.93.ch
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