生信分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。

===本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。===补言===

比对经常使用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 如今中国也在搭建和完善国家生物信息中心，一个是位于深圳的国家基因库，由BGI代运营，一个是北京的国家生物信息中心，由BIG开发和运营）。

 

 

核苷酸序列比对选默认的blast就好，其余的比对模块能够自行查看，有必要的状况下公众号再讲。

搜索本身想要比对的物种（reference）。

 

serch （点击搜索）

好了，database已经为咱们选定的物种基因组（可自行选择版本），若是没有基因组的话，可能须要本身上传或者是其余的办法（本处未作尝试）。

 

 输入须要查找的序列，或者文件。

格式为fasta格式，以下（关于序列的格式文件说明，能够参见鄙人公众号）：

>ID1

ATCG

>ID2

ATCG

...

 

 类似度通常用默认的，我的习惯在新的页面打开，而后点blast。

 

 我给的是双子叶植物的一段序列，不负众望，没有搜到任何信息。

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下面我想找一段同物种的基因：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 管它三七二十几（这里省略了约三个步骤），终究找了一段序列，贴进去看看效果：

 

而后结果：

 

 

 没错，就是这段，点开果真是100%的类似度。

 

 

 如今我突变3个位点，再比对一次。

 

 

 

 能够看到类似度变低了：右侧pre.ident 为99.75%（前一分钟是100%）。

 

 三个位点发生了差别。

 

 能够看到被人为突变的位置是没法对齐的，可是没有颜色标记不是很好看。

 继续，打开右边的可视化页面：

 

 可视化信息以下：

 

 

点击红色的query（没错，这就是刚刚输入的sequence，如今被重命名为Query_8543），能够看到咱们以前人为作的三个突变位点，以下(红线所示)：

 

 

 放大mismatch的位点，能够看到详细的碱基信息：

 

 

 以上，

abysw