GWAS群体分层校订，该选用多少个PCA

前言

关于选用多少个PCA作群体分层校订，各大期刊并无一个统一的说法。 故作了以下综述。

1 为所欲为型，想选多少就选多少

PCA想选多少就选多少，这个真的不是开玩笑。有文献出处有真相！

好比下面文献直接选用10个PCA校订群体分层。

Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability

好比选用前5个主成分校订群体分层。

Accounting for Population Stratification in Practice: A Comparison of the Main Strategies Dedicated to Genome-Wide Association Studies

好比选用前3个主成分校订群体分层。

GWAS identifies novel SLE susceptibility genes and explains the association of the HLA region

好比选用前2个主成分校订群体分层。

GWAS analysis of suicide attempt in schizophrenia: Main genetic effect and interaction with early life trauma

2 经过EIGENSTRAT软件肯定显著的主成分

经过EIGENSTRAT软件计算主成分

计算各个主成分是否有显著的统计学意义

将P值小于0.05的主成分归入群体分层校订中。

以下图所示，主成分1和2是显著影响群体结构的（P<0.05），作关联分析时须要归入协变量中

 

此类作法参考文献：

GWAS Identifies Novel Susceptibility Loci on 6p21.32 and 21q21.3 for Hepatocellular Carcinoma in Chronic Hepatitis B Virus Carriers