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python实现根据序列ID从提取fasta文件序列
时间 2020-02-12
标签
python
实现
根据
序列
提取
fasta
文件
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Python
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当序列少的时候,我习惯用 grep -A 1 -f seq.lst seq.fas | sed ‘/^–$/d’ > out.fas提取,可是此次遇到了一个大文件,用grep就太费时了,而后又试了一下TBtools的提取序列功能,发现时间也很长,因此就写了个python。提取将近100万条reads耗时也就须要10s左右python #!/usr/bin/python # -*- coding:
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