一款表达谱数据分析的神器--CCLE--转载

如今作生物和医学的，不少均可能会和各类组学数据打交道。其中表达谱数据老是最经常使用的，也是比较好测的。即便在工做中不去测序，也能够利用已有的数据库去作一些数据挖掘，找一找不一样表型（好比癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟你们推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，知足经常使用需求，能够作各类热图，聚类，箱图，类似分析和标记筛选等等，并且很是小巧。

 

 

 

进入软件以后，界面以下，这里显示的就是基因表达的热图（heatmap），其中蓝色表示被低调控，红色表示被高调。横向是不一样的细胞系，纵向是不一样的基因和探针名。

 

 

数据操做

第一次进入程序能够利用它自带的测试数据来上手，以下图，打开File->OpenExample Data-> CCLE，而后须要几分钟来下载数据，别忘记连网。CCLE是Board Institute维护的一个癌症细胞系的数据库，目前有近千个cell line，有兴趣的也能够去官网看看。

 

 

 

 

 

等几分钟load完数据以后了就能够挑选感兴趣的数据进行分析了。好比能够在圆圈处敲入skin ovary,即挑选和皮肤癌以及卵巢癌有关的细胞系（此时带有关键词的列名已经被橙色高亮）。而后点击黑色箭头处的图标，既能够选中这些列。

 

 

 

而后点击图中图标，创建新的热图（heatmap）。

 

 

类似分析

对两种癌症的数据就能够进行进一步分析。好比咱们能够分析不一样细胞系间的类似性，以下图Tools->Similarity Matrix，点击ok便可。

 

 

 

 

获得类似性以下图（这里为了计算更快，只取了其中部分数据），其中矩阵中的(i,j)位置对应细胞系i和细胞系j之间的类似性，红色表示类似度高。矩阵上方和右方的色条表示的是卵巢癌（深蓝）或皮肤癌（浅蓝）的细胞系。咱们能够发现一个位置来源的癌细胞都相互之间很像。

 

 

聚类分析

另外咱们也能够作聚类分析，以下图，点击图标后输入参数。这里须要选择对列（Column）仍是行（Row）聚类。这里咱们在两个方向均可以聚类。

 

 

 

 

聚类结果以下图，这里也选择了一部分（事实上只聚类了显示的这一部分。。）。跟刚才的热图的区别就是把行和列从新进行了排列，让更类似的临近在一块儿，能够方便看出被差别调控的基因或者相关模块。能够看到有一些基因在皮肤癌中高表达，在卵巢癌中低表达。这些基因就是潜在的皮肤癌的marker，至于如何利用这个软件作marker分析，咱们下次再说吧。

 

 

 

软件的下载地址在这里

须要安装java，须要机构邮箱来进行注册。若是没有机构邮箱，至少认识一个有的童鞋吧。