表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

须要长期更新！

参考：生信修炼手册

 

enhancer的基本概念：

长度几十到几千bp，做用是提升靶基因活性，属于顺式做用原件，DNA做用到DNA，转录因子就是反式，是结合到DNA的蛋白。

1981年，Benerji发现SV40中某个140bp的序列能够显著提升血红蛋白融合基因的表达水平。

特性：远距离效应，无方向性。

如何鉴定enhancer区域：

1. 对多个转录因子的peak区域进行聚类，识别加强子区域

2. 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰做为加强子区的mark

3. 使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A做为抗体进行chip_seq，识别加强子

4. 使用组蛋白乙酰化转移酶P300做为抗体进行chip_seq,识别加强子

如今又有了超级加强子的概念，super enhancer，就是enhancer显著富集的区域。

 

Enhancer数据库

FANTOM5 - human and mouse enhancer - Nature

HACER - human enhancer - NAR - only hg19

HEDD - human enhancer and disease - NAR - only hg19

TiED - human enhancer and tissue - no paper - only hg19 GENCODE.v19

EnhancerAtlas - human and mouse enhancer - only hg19

VISTA - human and mouse enhancer - can't download

DENdb - human enhancer - only hg19

SEdb - 超级加强子

dbSUPER - human  and mouse super enhancer

ROSE - richard A. Young, super enhancer，核心发现直接发Cell

 

Chip-seq数据库

ENCODE project - 综合性数据库，DNA、RNA、蛋白质、表观修饰

Cistrome DB - human and mouse Chip-seq

ReMap - human chipseq

IHEC - 国际人类表观基因组联盟

ChIP-Atlas 

GTRD 

FactorBook

 

3D genome

HiCUP

Juicer

Juicebox

HiC-Pro

 

转录因子数据库

unibind - human转录因子结合位点

ChipBase - 转录因子调控网络

dbCoRC - 核心转录因子数据库 

 

 

 

Epifactors - 表观因子数据库

工具篇：

motif基本概念

peak calling

peak annotation

 

MEME-ChIP - 挖掘denovo motif

DREME

MEME - motif分析综合工具

ggseqlogo - motif可视化 增强版

seqLogo - motif可视化

WebLogo - motif可视化

HOMER - peak注释

PeakAnalyzer - peak注释

ChIPseeker - peak注释

ChIPpeakAnno- peak注释

annoPeakR - peak注释

GREAT -  peak注释

UPORA -  peak注释

PAVIS -  peak注释