推荐一个实用的转录调控数据库，帮你找转录因子结合位点、预测靶基因、找ChIP-seq数据...

来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD（Gene Transcription Regulation Database），为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源，并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

GTRD数据库内容及其衍生的信息资源

GTRD：基因转录调节数据库

ChIP-seq是一种普遍用于识别给定转录因子结合区域的技术。基于全球大量的ChIP-seq数据集积累，已创建了一些专有数据库。可是这些数据库没有集成来自不一样ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子结合位点（TFBSs）集。

为了弥补这个不足，研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD。GTRD从SRA、GEO、ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的ChIP-seq数据，采用标准流程进行peak calling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点。该数据库自发布以来，一直在保持更新。

GTRD和其余基于ChIP-seq数据的数据库比较

GTRD能作什么？

根据转录因子搜索

ChIP-seq实验数据

用户可根据转录因子查询相关ChIP-seq实验数据，首页点击“Start”，搜索框输入转录因子名称，便可在下面窗口展现查询结果。

根据转录因子搜索ChIP-seq实验数据

查询基因上的转录因子结合位点

在高级搜索功能中，用户可根据基因和转录因子的信息，搜索转录因子结合位点状况。

查询基因上的转录因子结合位点

预测转录因子的靶基因

在高级搜索功能中，用户还可根据转录因子的信息预测其靶基因，查询结果以基因列表的形式反馈。

预测转录因子的靶基因

用户能够根据9种物种信息+样本类型/转录因子信息浏览GTRD中的数据。

GTRD首页展现了最新的数据统计信息。

点击首页“download”按钮可下载GTRD中的数据。

GTRD访问地址（👉 可点击阅读原文访问）：http://gtrd.biouml.org.

参考文献

[1] Yevshin I, Sharipov R, Kolmykov S, Kondrakhin Y, Kolpakov F.GTRD: a database on gene transcription regulation-2019 update.Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D100-D105.

[2] Yevshin I, Sharipov R, Valeev T, Kel A, Kolpakov F.

GTRD: a database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D61-D67. 

图片来源：GTRD官网、参考文献，若有侵权请联系删除。

本文分享自微信公众号 - 国家基因库大数据平台（close_3080908629）。
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