自己动手计算TSS Enrichment score

欢迎关注”生信修炼手册”! Encode将TSS Enrichment score作为ATAC文库质控的一个指标，不同的参考基因组注释文件，对应的阈值也不同，示意如下 所谓TSS Enrichment score, 其实是所有基因TSS位点测序深度的平均值。要计算这个值，需要两个文件，一个是bam文件，保存了测序深度信息，另外一个是参考基因组TSS位点文件，可以从gtf文件中提取得到，记录了TSS

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