HPA数据库06，大脑图谱

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度作表达差别分析；

2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；

3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；

4. cBio-portal数据库作基因组学的分析（机制一）；

5. STRING互做和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；

6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。

HPA数据库从TISSUE ATLAS，CELL ATLAS和PATHOLOGY ATLAS角度分别展现蛋白在正常组织、细胞和肿瘤组织中的表达状况（这是基本功能，也是核心功能，必须熟练掌握），还展现蛋白在代谢（METABLIC ATLAS)、血液（BLOOD ATLAS）和脑组织（BRAIN ATLAS）中（进阶功能）的表达和潜在做用。

经过可视化和整合三个哺乳动物物种(人类、猪和老鼠)的数据，脑组织图谱展现蛋白在哺乳动物大脑中的表达。转录组学数据与亲和蛋白原位定位蛋白在单细胞中的细节。

数据关注在人类、猪和小鼠的一对一同源基因。每一个基因都有一个总结页，展现靶基因在大脑区域的表达数据(mRNA)以及定位。高分辨率染色图像以及各个子区域的表达数据均可以用于探索脑组织。

脑组织的局部解剖信息

脑组织中基因表达状况总述。

脑学研究与诺贝尔奖

脑组织相关疾病，阿兹海默症、帕金森综合症等也是研究的热点。

一样提醒，大脑图谱也不是HPA数据库的核心。咱们应该把主要精力花在细胞图谱、正常组织图谱和异常组织图谱中，大脑图谱交给神经科医生吧。咱们仅做浅层次的了解，在临床上可以作出鉴别诊断便可。在此特别说明，是否是核心功能，概念是相对而言的，关键是咱们研究的方向和兴趣。

参考资料

https://www.proteinatlas.org/humanproteome/brain.

本文分享自微信公众号 - 芒果先生聊生信（from2019to2020）。
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