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「基因组组装」三代组装多少深度比较合适
时间 2021-01-14
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文章 一句话总结,组装深度建议高于30X,N50建议高于11Kb,否则会出现严重的片段化。 最初参加三代组装培训的时候,课程老师建议Canu使用所有数据进行组装会比较好。因为我组装基因组比较小,计算成本低,所以大部分的时候我都是用100X左右的数据进行纠错加组装。但是最近组装的时候,却发现如果我使用所有数据,最后结果会有更多的错误组装。这种错误可以用一个成语进行概括,“三人成虎”,也就是原本不应该
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