Secondary ,Supplementary alignment 和bwa mem的-M -Y参数

1.supplementary alignment

supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功，另外一部分和参考区域2比对成功，参考区域1和参考区域2没有交集（或不多），那么一条read就会产生两条sam文件，

将其中的一条sam文件做为represent alignment，而另外一条做为supplementary alignment （flag为2048）。

将上面的fastq文件去跑bwa，read有两条sam文件，第二条的flag值为2048：

 

2.bwa mem的-M -Y参数：

-M：mark shorter split hits as secondary。就是把supplemenary alignment 变为no primary（flag值256） 。下面是bwa mem -M的结果

 

-Y:use soft clipping for supplementary alignments。把默认的hard clip变为soft clip。hard clip 不会显示不匹配的碱基串，soft clip会显示不匹配的碱基串。下面是bwa mem -Y的结果（58H34M变为58S34M）

 

3.secondary(no primary)是指这条read在基因组上有多个匹配区域（>=2），能够是read是的同一部分有不一样匹配区域，也能够是一条read上的不一样区域。因此supplemenary aligment应该算是secondary的子集。

许多处理bam的软件不会去处理supplemenary（split alignments），好比Picard’s markDuplicates，因此可能须要用-M把supplemenary 转换为secondary。