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Metagenome Assembly - Part1:基于德布莱英图(De Bruijn graph)的宏基因组de novo拼接
时间 2021-04-21
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生物信息学
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最近在做一批宏基因组数据的拼接工作,这里的拼接主要指从Read到Contig这个水平。然后因为是第一次做,有很多没懂的地方,在学习和实践的过程中,总结了一下。写成几篇博客记录一下,以后又不清楚了可以回来看一下。这篇博客主要记录一下宏基因组拼接的算法之一——基于德布莱英图(De Bruijn graph)的方法。 一、为什么使用德布莱英图? 对于短序列read的拼接有两种基本算法,一种是基于Over
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