blast备忘录

一、假如 hit strand 为 -1，那么，常见序列头部覆盖不彻底的现象。

不知道有没有办法避免，或者有没有互补的办法？

二、Query coverage

• Question: Biopython - calculating query coverage and Identity
• Tiling HOWTO
• 较新版本的 ncbi-blast+ 的 blasttable 等格式能够直接输出 qcovs, qcovhsp。

三、缩写

• HSP: High-scoring Segment Pair