玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

欢迎关注”生信修炼手册”! 在TCGA项目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片来分析CNV, 首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别loss还是gain, 流程示意如下 对于CNV分析的结果，提出了SEG这种存储格式，内容示意如下 第一列为样本ID, 第二列到第四列为segmentation分析后划分好的拷贝数相同的基因组区

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