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GATK 模块 CombineVariants 合并多样本 VCF 时 AD 字段缺失问题
时间 2019-12-07
标签
gatk
模块
combinevariants
合并
样本
vcf
字段
缺失
问题
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tags: gatk bugget 问题发现 我用 GATK 模块 CombineVariants 合并了 12 个样本的 VCF 文件,以后发现部分位点 FORMAT 字段缺乏了 AD 信息。仔细看了一下,这样的位点都是有多个 ALT 的位点。it 正常状况下 FORMAT 字段:io GT:AD:DP:GQ:PLclass 缺失 AD 的 FORMAT 字段:date GT:DP:GQbug
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