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统计Binmap中某一亲本基因型所占总比例
时间 2021-01-21
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在构建完binmap之后,往往需要统计各亲本占群体的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群体,我们假设B73的基因型为A,teosinte的基因型为B,如果我们需要统计在整个群体中teosinte所占的基因型比例,这时候我们需要先将群体中所有B基因型的bin的区间都提取出来,生成一个bed文件,如下图,该bed文件共有三列,第一列为染色体名称,第二列为其中一个基因型为B的bin的起始物
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