Perl学习建议（转）

首先要理解perl里面的三种变量表示方式:

$ 表示单个变量  用单双引号区别，q(),qq()

@ 表示多个变量组成的数组，qw()

% 表示关系型变量-hash

变量不严格区分类型，没有int/float/double/char这样的概念

 

以及对这些简单变量的操做函数

# Numerical operators:  <,  >, <=, >=, ==, !=, <=>, +, *

# String operators:    lt, gt, le, ge, eq, ne, cmp, ., x

数组操做(pop/push/shift/unshift/splice/map/grep/join/split/sort/reverse)

hash操做方式(keys,values,each,delete,exists)

 

变量内容交换，字符型转为数值型，字符串转为字符数组，字符串变量，heredoc，字符串分割，字符串截取，

随机数生成，取整，各类几率分布数，多维矩阵如何操做，进制转换

hash翻转，数组转hash

 

 

上下文环境

这个比较复杂：  http://www.perlmonks.org/?node_id=738558

就是须要理解你写的程序是如何判断你的变量的，你觉得的不必定是你觉得的

 

正则表达式

这也是一个很是重要的一块内容，基础用法就是m和s，一个匹配，一个替换，比较有趣的就是$1,$2等等捕获变量。

 

(=~ s{^https?://}{}   =~ m{///})

 

内建变量

就是perl语言设计的时候定义了一大堆的全局变量($_  $, $0 $> $< $! $. @ARGV @F @_ @INC %ENV %SIG

外表上看起来都是一个$/@/%符号后面加上一大堆的奇奇怪怪的字符，表示一些特殊变量，这也是perl语言饱受诟病的缘由。

可是有些很是重要，懂了它以后写程序会方便

下载一个表格，里面有近100个预约义变量须要学习的

 

控制语句(循环/条件/判断)

if ... elsif ... else ...

unless/while/next/last/for/foreach

 

读写文件，脚本实战！

while(<>){

#do something !

}

这是我最喜欢的一个程序模板，读取文件，根据须要处理文件，而后输出。

须要实现很是多的功能，而后就能够本身总结脚本技巧，也能彻底掌握perl的各类语法。

在生物信息学领域，须要实现的功能有！

 

perl 单行命令

我我的特别喜欢这个知识点，我也专门下载过一本书来学习，把这个教程看完就基本上能全明白： http://www.catonmat.net/blog/perl-one-liners-explained-part-one/

学习单行命令的前提是掌握很是多的奇奇怪怪的perl自定义变量，和perl的基础语法，用熟练了以后就很是方便，不少生物信息学数据处理过程我如今基本不写脚本，都是直接写一行命令，彻底代替了shell脚本里面的awk、sed/grep系列命令。

(-p -a -n -a -l -i -F -M)

 

 

预约义函数

perl 是一个很是精简的语言，自定义的函数很是少，连min max这样常见的函数都没有，若是你须要使用这样的功能，要么本身写一个函数，要么使用增强版的包，perl的包很是多。

下面列出一些，我经常使用的包

程序必备 use/die/warn/print/open/close/<>/

数学函数sin/cos/log/abs/rand/srand/sqrt

字符串函数 uc/lc/scaler/index/rindex/length/pos/substr/sprintf/chop/chomp/hex/int/oct/ord/chr/unpack/unencode

defined/undef

 

系统操做相关

perl语言是跨平台的，由于它的执行靠的是perl解释器，而perl的解释器能够安装在任何机器上面。因此能够用perl来代替不少系统管理工做。

系统命令调用

文件句柄操做(STDIN,STDOUT,STDERR,ARGV,DATA,)

系统文件管理(mkdir/chdir/opendir/closedir/readdir/telldir/rmdir/)

 

一些高级技巧

自定义函数 sub , 参数传递，数组传递，返回值

模块操做(模块安装，加载，模块路径，模块函数引用)

引用（变量的变量）

 

选择一个好的编辑器-编译器,editplus,notepad++,jEdit，编程习惯的养成。

搞清楚perl版本的问题，还有程序编码的问题，中文显示的问题

程序调试

 

perl常见模块学习

perl和LWP/HTML作网络爬虫必备，重点是DOM如何解析

perl和CGI编程，作网站的神器，重点是html基础知识

DBI相关数据库，用perl来操做mysql等，固然，重点是mysql知识

GD and GD::Graph 能够用来画图，可是基本上没有人用了，除了CIRCOS画圈圈图火起来了。

TK模块，能够编写GUI界面程序，可是也几乎没有人用了。

XML/pdf/excel/Json 相关的模块能够用来读取非文本格式数据，或者输出格式化报告。

socket通讯相关，高手甚至能够写出一个QQ的模仿版本

最后不得不提的就是Bioperl了，虽然我历来没有用过，可是它的确对初学者很是有用，大多数人不提倡重复造轮子，但我我的以为，对初学者来讲，重复造轮子是一个很是好的学习方式。你们能够仿造bioperl里面的各个功能，用本身的脚原本实现！

 

若是你感受学的差很少了，就能够下载一些复习资料，查漏补缺:

http://michaelgoerz.net/refcards/perl_refcard.pdf

https://rc.hms.harvard.edu/training/perl/Perl%20Cheat%20Sheet.pdf

https://www.cheatography.com/mishin/cheat-sheets/perl-reference-card/

http://www.catonmat.net/download/perl.predefined.variables.pdf

http://www.erudil.com/preqr.pdf

https://www.cs.tut.fi/~jkorpela/perl/regexp.html

https://support.sas.com/rnd/base/datastep/perl_regexp/regexp-tip-sheet.pdf