Gblocks命令行

 1 使用默认的设置：
 2 
 3 $ Gblocks proteins.fasta -t=p
 4 
 5 必须是 fasta 文件在前，参数在后。若没有参数，则进入交互式界面。
 6 
 7 
 8 Gblocks cds.fasta −t=c −b1=“$b1” −b2=“$b1” −b3=1 −b4=6 −b5=h
 9 
10 
11 ################################
12 ################################
13 -t= default:p
14 
15 设置序列的类型，可选的值是 p,d,c 分别表明 protein， DNA， Codons 。
16 
17 -b1= default:（ 序列条数的 50% + 1 ）
18 
19 设定保守性位点必须有 >= 该值的序列数。该参数后接一个 integer 数，默认下比序列条数的 50% 大 1.
20 
21 -b2= default: 序列条数的 85%
22 
23 肯定保守位点的侧翼位点时，其位点必须有 >= 该值的序列数。该值必需要比 -b1 的值要大。
24 
25 -b3= default: 8
26 
27 最大连续非保守位点的长度。
28 
29 -b4= default: 10
30 
31 保守位点区块的最小长度。该值必须 >=2 。
32 
33 -b5= default: n
34 
35 设置容许含有 Gap 位点。可选的值有 n,h,a 分别表明 None, With Half, All 。 当为 h 时，表示
36 
37 -e= default: -gb
38 
39 设置输出结果的后缀。

 

注意：where b1 = 70% of the sequences sampled in the data set.