读写生信流程必备的 Perl 语法

最先就是写Perl的，后来来到公司转Python，如今又要负责流程了，开始重拾Perl，固然是借鉴别人现有的语法，我再从新组合。

基本语法就不介绍了，参照我以前文章 Perl

 

模块

use strict;

 

use File::Path;

【Perl】Path::File 目录的建立和删除

内置模块，导入以后就能够随时建立和删除目录了，mkpath("LZX")；rmtree("LZX")；

 

use Getopt::Long;

perl 中的有关控制参数的模块，参考：在Perl中使用Getopt::Long模块来接收用户命令行参数

 

my $usage = <<USAGE;
Description: main pipeline for metagenomic analysis based on IGC, version 2016a
USAGE

USAGE 在这里通俗讲就是一个标记，它用来标记一段文字（通常都是多行的，免得编码麻烦，用"<<"加上一个标记就能够把一大段代码存入到一个变量中去了）；$usage = <<USAGE 的意思就是说：下一行开始，直到碰见“USAGE”为止，全部的字符都按照指定的格式存入变量usage中。你能够用EEE，MAMA等等其余的名字均可以，就是一个标记而已，它的做用就是简化输入。

通常都有后续，die $usage if (!$conf || !$rawFqList || $help);

相似open(MYFILE, "myfile") || die "Cannot open myfile: $!/n"; 程序结束，打印$usage 标量。

 

use File::Basename;

perl File::Basename 模块

File::Basename 模块 从文件名中抽取基名，取不包括路径的文件名。

 

use FindBin '$Bin';

use Cwd qw(abs_path);

[Perl]如何取绝对路径:FindBin模块和Cwd模块用法和区别

经过FindBin qw($Bin)获取的是脚本所在目录的绝对路径
经过Cwd qw(abs_path getcwd)获取的是运行脚本时所在的目录的绝对路径

$outdir = abs_path $outdir;

 

use Config::General;

Config::General

 

语法

return \%hash

参考： Perl引用reference（\运算符）

 

my %config = %$config;

my @array2 = @{$array_r};  #拷贝了数组

对引用变量解引用经过{$var_r}实现；

 

 

$outdir ||= "./";

=~是正则匹配运算符，||=是或等赋值运算符。表示若是$outdir为非false，那么$outdir仍是$outdir，不然，$outdir被赋值为./。

 

正则表达式

 

 

notepad++使用技巧

我喜欢用notepad++来写perl代码，默认绑定.pl后缀

注释

快捷键以下：

单行、多行注释   //方式  ：ctrl+k

区块注释  / * * /方式 ：ctrl+q

取消单行、多行、区块注释  ：ctrl+shift+k

若是感受默认的快捷键不方便，能够修改为本身习惯的快捷键：设置-管理快捷键-Mainmenu选项卡下的第42-44项是上述快捷键选中某项，点击下面的modify就能够换成本身习惯的方式啦~