linux anaconda中mkl库的一个坑

问题

anaconda3中默认连接了一个本身的mkl库。代码中使用到mkl时，会报如下错误:

INTEL MKL ERROR: ~/anaconda3/envs/py27/bin/../lib/libmkl_avx2.so: undefined symbol: mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8.
Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_avx2.so or libmkl_def.so.

解决方法

从现象看是找不到符号表。检查envs/py27/lib/目录，能够看到libmkl*开头的lib有好多。至少libmkl_avx2.so 和 libmkl_def.so都在。排除缺乏库的问题。

nm -D 查看libmkl开头的库，能够看到mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8这个symbol出现了不少次，带实现的也有，找不到符号怎么看都不该当。

去anaconda官方文档看了下。有提到mkl模式默认安装的，若是出问题建议安装nomkl这个包，而后卸载全部mkl,mkl-service两个包。这个方法实际是用另外一个一样功能的库取代mkl。部分应用场景能解决问题，而后个人问题用该方法不能解决。

find libmkl试了下，发如今anaconda3/lib/目录下也有mkl相关的lib，并且多了一个libmkl-core.so的so，查了下，这个是mkl官方的包。对比了env下的mkl和这个mkl包的区别，发现不少包都是不同大小的，想到之前作嵌入式开发时遇到的包中的符号表被删除的现象，决定使用这个官方包试试。

设置LB_PRELOAD环境变量，使用如下两个包替换默认的env下的包，问题解决。

export LD_PRELOAD=~/anaconda3/lib/libmkl_core.so:~/anaconda3/lib/libmkl_sequential.so