VCF比对工具的安装及使用

过程参考https://vcftools.github.io/examples.html

• 首先下载并编译安装vcftools

git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install

遇到的问题包括：

（1）./autogen.sh时报autoreconf: not found 安装apt-get install autoconf

（2）缺乏zlib  sudo apt-get install zlib1g-dev

• 使用方法

 显示版本信息：

vcftools

比对两个vcf文件

vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --out compare

 

 

tips：sudo apt install vcftools