samtools 学习记录

SAMtools不仅仅用来call snp。从samtools的软件名就能看出，是对SAM格式文件进行操作的工作，比如讲sam转成bam格式，index，rmdup等等。samtools结合linux命令比如grep，awk和SAM格式描述的flag，tag，亦是非常非常非常强大，比如根据flag过滤duplicate的reads，根据XA tag过滤multiple hit的reads。本文在此

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