2020.9.4丨三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

时间 2020-12-31 标签生物信息组装基因组

三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍
- PB：光信号，荧光基团结合碱基测序
- Nanopore：电信号
- 优点
  - 无GC偏好性
- 缺点
  - 错误率较高
  - 有效孔只有三分之一
三代测序组装方法
- 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
- 常用软件
  - Canu
    - 纠错、修剪、组装
  - FALCON（PB自主开发）
    - 可做二倍体和单倍体
    - 可通过Hi-C数据对二倍体进行组装
  - MECAT
  - 文献结论
三代测序应用场景
- 基因组
  - 测序优势
    - 可价格低contig数量，减少后续拼接与注释的工作量，节省时间
    - 提高了基因组组装的完整度
  - 算法
    - OLC
    - DBG
- 表观遗传学（甲基化）
  - 总量鉴定
  - 高通量测序
- 宏基因组
- 全场转录本
- 全长16S
二代+三代组装分析比较
- Nanopore组装效果比较好
- 优势
  - 基因全面
  - 组装N50效果好
  - binning高质量基因组