【译文】怎样在R语言中使用SQL命令

时间  2019-12-20
标签 译文 怎样 语言 使用 sql 命令 栏目 SQL 繁體版
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【译文】怎样在R语言中使用SQL命令

做者 Fisseha Berhane

对于有SQL背景的R语言学习者而言。sqldf是一个很实用的包，因为它使咱们能在R中使用SQL命令。仅仅要掌握了主要的SQL技术。咱们就能利用它们在R中操做数据框。关于sqldf包的不少其它信息，可以參看cran。

在这篇文章中，咱们将展现怎样在R中利用SQL命令来链接、检索、排序和筛选数据。

咱们也将展现怎么利用R语言的函数来实现这些功能。近期我在处理一些FDA（译者注：食品及药物管理局）的不良事件数据。这些数据很混乱：有缺失值。有反复记录，有不一样一时候间创建的数据集的可比性问题。不一样数据集中变量名称和数量也不统一（比方一个数据集里叫sex，还有一个里叫gender），还有疏忽错误等问题。但正因如此，这些数据对于数据科学家或者爱好者而言到是理想的练手对象。php

本文使用的FDA不良事件数据可以从公开渠道得到，csv格式的数据表可以从国家经济研究局下载。经过R从国家经济研究局的站点下载数据相对更easy，我建议你使用对应的R代码来下载并探索数据。

不良事件数据集是以季度为发布周期，每个季度的数据包括了人口信息、药物/生物信息、不良事件详情，结果和诊断状况等信息。

让咱们下载数据并使用SQL命令来链接、排序和筛选该数据集中包括的大量数据框。

载入R包

require(downloader) library(dplyr) library(sqldf) library(data.table) library(ggplot2) library(compare) library(plotrix)

主要的错误处理函数tryCatch()

咱们将使用这个函数来处理下载的数据。因为数据以季度频率发布，每一年都会有四个观測值（每一年有四条记录）。执行这个函数能本身主动下载数据，但假设某些季度数据从网上没法获取（还没有发布）。该函数会返回一条错误信息表示没法找到数据集。

现在让咱们下载数据的压缩包并将其解压。react

try.error = function(url)
{
  try_error = tryCatch(download(url,dest="data.zip"), error=function(e) e)
  if (!inherits(try_error, "error")){
      download(url,dest="data.zip")
        unzip ("data.zip")
      }
    else if (inherits(try_error, "error")){
    cat(url,"not found\n")
      }
      }

下载不良事件数据

咱们可以获得自2004年起的FDA不良事件数据。本文将使用2013年以来发布的数据，咱们将检查截至当前时间的最新数据并下载。

> Sys.time() 函数会返回当前的日期和时间。

> data.table包中的year()函数会从以前返回的当前时间中提取年份信息。

咱们将下载人口、药物、诊断/指示，结果和反应（不良事件）数据。

year_start=2013
year_last=year(Sys.time())
for (i in year_start:year_last){
            j=c(1:4)
            for (m in j){
            url1<-paste0("http://www.nber.org/fda/faers/",i,"/demo",i,"q",m,".csv.zip")
            url2<-paste0("http://www.nber.org/fda/faers/",i,"/drug",i,"q",m,".csv.zip")
            url3<-paste0("http://www.nber.org/fda/faers/",i,"/reac",i,"q",m,".csv.zip")
            url4<-paste0("http://www.nber.org/fda/faers/",i,"/outc",i,"q",m,".csv.zip")
            url5<-paste0("http://www.nber.org/fda/faers/",i,"/indi",i,"q",m,".csv.zip")
           try.error(url1)
           try.error(url2)
           try.error(url3)
           try.error(url4)
           try.error(url5)     
            }
        }

http://www.nber.org/fda/faers/2015/demo2015q4.csv.zip not found
...
http://www.nber.org/fda/faers/2016/indi2016q4.csv.zip not found

依据上面的错误信息。截至成文时间（2016年3月13日）。咱们最多可以得到2015年第三季度的不良事件数据。

> list.files()函数会字符串向量的形式返回当前工做文件夹下所有文件的名字。

> 我会使用正則表達式对各个数据集的类别进行筛选。

比方^demo.*.csv表示所有名字以demo开头的csv文件。web

filenames <- list.files(pattern="^demo.*.csv", full.names=TRUE)
cat('We have downloaded the following quarterly demography datasets')
filenames

咱们已经下载了下列季度人口数据

"./demo2012q1.csv" "./demo2012q2.csv" "./demo2012q3.csv" "./demo2012q4.csv" "./demo2013q1.csv" "./demo2013q2.csv" "./demo2013q3.csv" "./demo2013q4.csv" "./demo2014q1.csv" "./demo2014q2.csv" "./demo2014q3.csv" "./demo2014q4.csv" "./demo2015q1.csv" "./demo2015q2.csv" "./demo2015q3.csv"

让咱们用data.table包中的fread()函数来读入这些数据集，以人口数据为例：

demo=lapply(filenames,fread)

接着让咱们把它们转换数据结构并合并成一个数据框：

demo_all=do.call(rbind,lapply(1:length(demo),function(i) select(as.data.frame(demo[i]),primaryid,caseid, age,age_cod,event_dt,sex,reporter_country))) dim(demo_all) 3554979 7

咱们看到人口数据有超过350万行观測（记录）。

译者注：如下的内容都是反复这个流程。可以略过

现在让咱们合并所有的药品数据

filenames <- list.files(pattern="^drug.*.csv", full.names=TRUE)
cat('We have downloaded the following quarterly drug datasets:\n')
filenames
drug=lapply(filenames,fread)
cat('\n')
cat('Variable names:\n')
names(drug[[1]])
drug_all=do.call(rbind,lapply(1:length(drug), function(i) select(as.data.frame(drug[i]),primaryid,caseid, drug_seq,drugname,route)))

咱们已经下载了下列季度药品数据集

"./drug2012q1.csv" "./drug2012q2.csv" "./drug2012q3.csv" "./drug2012q4.csv" "./drug2013q1.csv" "./drug2013q2.csv" "./drug2013q3.csv" "./drug2013q4.csv" "./drug2014q1.csv" "./drug2014q2.csv" "./drug2014q3.csv" "./drug2014q4.csv" "./drug2015q1.csv" "./drug2015q2.csv" "./drug2015q3.csv"

每张表中的变量名分别为：

"primaryid" "drug_seq" "role_cod" "drugname" "val_vbm" "route" "dose_vbm" "dechal" "rechal" "lot_num" "exp_dt" "exp_dt_num" "nda_num"

合并所有的诊断/指示数据集

filenames <- list.files(pattern="^indi.*.csv", full.names=TRUE)
cat('We have downloaded the following quarterly diagnoses/indications datasets:\n')

filenames

indi=lapply(filenames,fread)

cat('\n')
cat('Variable names:\n')

names(indi[[15]])

indi_all=do.call(rbind,lapply(1:length(indi), function(i) select(as.data.frame(indi[i]),primaryid,caseid, indi_drug_seq,indi_pt)))

已经下载的数据集为：

"./indi2012q1.csv" "./indi2012q2.csv" "./indi2012q3.csv" "./indi2012q4.csv" "./indi2013q1.csv" "./indi2013q2.csv" "./indi2013q3.csv" "./indi2013q4.csv" "./indi2014q1.csv" "./indi2014q2.csv" "./indi2014q3.csv" "./indi2014q4.csv" "./indi2015q1.csv" "./indi2015q2.csv" "./indi2015q3.csv"

变量名为：

"primaryid" "caseid" "indi_drug_seq" "indi_pt"

合并病人的结果数据：

filenames <- list.files(pattern="^outc.*.csv", full.names=TRUE)
cat('We have downloaded the following quarterly patient outcome datasets:\n')

filenames
outc_all=lapply(filenames,fread)

cat('\n')
cat('Variable names\n')

names(outc_all[[1]])
names(outc_all[[4]])
colnames(outc_all[[4]])=c("primaryid", "caseid", "outc_cod")
outc_all=do.call(rbind,lapply(1:length(outc_all), function(i) select(as.data.frame(outc_all[i]),primaryid,outc_cod)))

下载的数据集例如如下：

"./outc2012q1.csv" "./outc2012q2.csv" "./outc2012q3.csv" "./outc2012q4.csv" "./outc2013q1.csv" "./outc2013q2.csv" "./outc2013q3.csv" "./outc2013q4.csv" "./outc2014q1.csv" "./outc2014q2.csv" "./outc2014q3.csv" "./outc2014q4.csv" "./outc2015q1.csv" "./outc2015q2.csv" "./outc2015q3.csv"

变量名：

"primaryid" "outc_cod" 
"primaryid" "caseid" "outc_code"

最后来合并反应（不良事件）数据集（译者注：这部分无聊地我要哭了）

filenames <- list.files(pattern="^reac.*.csv", full.names=TRUE)
cat('We have downloaded the following quarterly reaction (adverse event) datasets:\n')

filenames
reac=lapply(filenames,fread)

cat('\n')
cat('Variable names:\n')
names(reac[[3]])

reac_all=do.call(rbind,lapply(1:length(indi), function(i) select(as.data.frame(reac[i]),primaryid,pt)))

下载的数据集有：

"./reac2012q1.csv" "./reac2012q2.csv" "./reac2012q3.csv" "./reac2012q4.csv" "./reac2013q1.csv" "./reac2013q2.csv" "./reac2013q3.csv" "./reac2013q4.csv" "./reac2014q1.csv" "./reac2014q2.csv" "./reac2014q3.csv" "./reac2014q4.csv" "./reac2015q1.csv" "./reac2015q2.csv" "./reac2015q3.csv"

变量名为：

"primaryid" "pt"

让咱们看看不一样的数据类型各有多少行

all=as.data.frame(list(Demography=nrow(demo_all),Drug=nrow(drug_all),
                   Indications=nrow(indi_all),Outcomes=nrow(outc_all),
                   Reactions=nrow(reac_all)))
row.names(all)='Number of rows'
all

SQL命令

记住sqldf包使用SQLite

COUNT

# SQL版本号
sqldf("SELECT COUNT(primaryid)as 'Number of rows of Demography data' FROM demo_all;")

# R版本号
nrow(demo_all)
3554979

LIMIT命令（显示前几行）

# SQL版本号
sqldf("SELECT *
FROM demo_all 
LIMIT 6;")

# R版本号
head(demo_all,6)

R1=head(demo_all,6)
SQL1 =sqldf("SELECT * FROM demo_all LIMIT 6;")
all.equal(R1,SQL1)
TRUE

*译者注：这部分代码验证了SQL命令和R代码的等价性，下同。

WHERE命令

SQL2=sqldf("SELECT * FROM demo_all WHERE sex ='F';")
R2 = filter(demo_all, sex=="F")
identical(SQL2, R2)
TRUE

SQL3=sqldf("SELECT * FROM demo_all WHERE age BETWEEN 20 AND 25;")
R3 = filter(demo_all, age >= 20 & age <= 25)
identical(SQL3, R3)
TRUE

GROUP BY 和 ORDER BY

# SQL版本号
sqldf("SELECT sex, COUNT(primaryid) as Total FROM demo_all WHERE sex IN ('F','M','NS','UNK') GROUP BY sex ORDER BY Total DESC ;")

# R版本号
demo_all %>% filter(sex %in%c('F','M','NS','UNK')) %>% group_by(sex) %>%
summarise(Total = n()) %>% arrange(desc(Total))

SQL3 = sqldf("SELECT sex, COUNT(primaryid) as Total FROM demo_all GROUP BY sex ORDER BY Total DESC ;")

R3 = demo_all%>%group_by(sex) %>%
        summarise(Total = n())%>%arrange(desc(Total))

compare(SQL3,R3, allowAll=TRUE)
TRUE
  dropped attributes

利用SQL命令进行数据清洗并绘制3D饼图

SQL=sqldf("SELECT sex, COUNT(primaryid) as Total FROM demo_all WHERE sex IN ('F','M','NS','UNK') GROUP BY sex ORDER BY Total DESC ;")
SQL$Total=as.numeric(SQL$Total
pie3D(SQL$Total, labels = SQL$sex,explode=0.1,col=rainbow(4),
   main="Pie Chart of adverse event reports by gender",cex.lab=0.5, cex.axis=0.5, cex.main=1,labelcex=1)

输出的图例如如下：

Inner Join

让咱们把药品数据和指数数据基于主id和药品序列内连。

首先。咱们要检查下变量名，看看怎样合并两个数据集。

names(indi_all)
names(drug_all)

    "primaryid" "indi_drug_seq" "indi_pt" 
    "primaryid" "drug_seq" "drugname" "route" 

names(indi_all)=c("primaryid", "drug_seq", "indi_pt" ) # 使两个数据集变量名一致
R4= merge(drug_all,indi_all, by = intersect(names(drug_all), names(indi_all))) # R版本号合并
R4=arrange(R3, primaryid,drug_seq,drugname,indi_pt) # R版本号排序
SQL4= sqldf("SELECT d.primaryid as primaryid, d.drug_seq as drug_seq, d.drugname as drugname, d.route as route,i.indi_pt as indi_pt FROM drug_all d INNER JOIN indi_all i ON d.primaryid= i.primaryid AND d.drug_seq=i.drug_seq ORDER BY primaryid,drug_seq,drugname, i.indi_pt") # SQL版本号
compare(R4,SQL4,allowAll=TRUE)
TRUE # 两种方法等价

R5 = merge(reac_all,outc_all,by=intersect(names(reac_all), names(outc_all)))
SQL5 =reac_outc_new4=sqldf("SELECT r.*, o.outc_cod as outc_cod FROM reac_all r INNER JOIN outc_all o ON r.primaryid=o.primaryid ORDER BY r.primaryid,r.pt,o.outc_cod")

compare(R5,SQL5,allowAll = TRUE)
TRUE
# 绘制不一样性别的年龄几率分布密度图
ggplot(sqldf('SELECT age, sex FROM demo_all WHERE age between 0 AND 100 AND sex IN ("F","M") LIMIT 10000;'), aes(x=age, fill = sex))+ geom_density(alpha = 0.6)

绘制出的图例如如下：

绘制不一样结果的年龄年龄几率分布密度图（译者注：后面都是结果的可视化，可略过。原做者的耐心真好。

。。sql

）bash

ggplot(sqldf("SELECT d.age as age, o.outc_cod as outcome
                     FROM demo_all d
                     INNER JOIN outc_all o
                     ON d.primaryid=o.primaryid
                     WHERE d.age BETWEEN 20 AND 100
                     LIMIT 20000;"),aes(x=age, fill = outcome))+ geom_density(alpha = 0.6)

输出例如如下：

ggplot(sqldf("SELECT de.sex as sex, dr.route as route FROM demo_all de INNER JOIN drug_all dr ON de.primaryid=dr.primaryid WHERE de.sex IN ('M','F') AND dr.route IN ('ORAL','INTRAVENOUS','TOPICAL') LIMIT 200000;"),aes(x=route, fill = sex))+ geom_bar(alpha=0.6)

输出例如如下：

ggplot(sqldf("SELECT d.sex as sex, o.outc_cod as outcome
                     FROM demo_all d
                     INNER JOIN outc_all o
                     ON d.primaryid=o.primaryid
                     WHERE d.age BETWEEN 20 AND 100 AND sex IN ('F','M')
                     LIMIT 20000;"),aes(x=outcome,fill=sex))+ geom_bar(alpha = 0.6)

输出例如如下（译者注：哥们儿挺住，你就快看完了！。。）：

UNION ALL

demo1= demo_all[1:20000,]
demo2=demo_all[20001:40000,]
R6 <- rbind(demo1, demo2)
SQL6 <- sqldf("SELECT * FROM demo1 UNION ALL SELECT * FROM demo2;")
compare(R6,SQL6, allowAll = TRUE)
TRUE

INTERSECT

R7 <- semi_join(demo1, demo2)
SQL7 <- sqldf("SELECT * FROM demo1 INTERSECT SELECT * FROM demo2;")
compare(R7,SQL7, allowAll = TRUE)
TRUE

EXCEPT

R8 <- anti_join(demo1, demo2)
SQL8 <- sqldf("SELECT * FROM demo1 EXCEPT SELECT * FROM demo2;")
compare(R8,SQL8, allowAll = TRUE)
TRUE

咱们下篇文章再见！

假设你有不论什么建议和意见，请在下方留言。markdown

翻译感悟：这篇文章的做者不厌其烦地演示了利用怎样sqldf包在R中实现大部分常常使用的SQL命令，并将其结果和直接调用对应的R函数的结果作了对比。证实了两者的等价性。

我十分敬佩做者能走完这个及其枯燥的流程。数据结构

但我不想再翻译第二篇这样的风格的文章了。。app

。ide

注:原文刊载于datascience+站点

连接:http://datascienceplus.com/performing-sql-selects-on-r-data-frames/

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