第三代基因测序技术革新 云计算的应用

第三代基因测序技术革新 云计算的应用
一位准妈妈，在怀孕12-24周时，须要作唐氏儿的筛查，传统唐筛的方式准确率低，若是结果显示危险性高，那么准妈妈还须要作羊膜穿刺等进一步检查。
　　而今天，随着基因测序技术的发展，咱们能够经过无创DNA检测的方式，利用DNA测序对母体外周血浆中的游离DNA片断进行测序，并将测序结果进行生物信息分析，能够从中获得胎儿的遗传信息，从而实现对唐氏儿的精准筛查。
　　结合DNA在转录蛋白质时的对应关系以及不一样蛋白质对人体的做用，科学家们已经能够从DNA中解读关于人类健康及遗传的不少信息。这其中就包括后代出现某些遗传缺陷的概率，某种疾病在个体上发生的几率，个体对某些药物或食物的潜在过敏反应等等。
　　能够说DNA的测序对人的健康生活和生育有着重大意义，一次DNA测序就能够为我的或家庭提供一份详尽的生活建议和指导。而这正是武汉将来组生物科技有限公司目前正在从事的工做。
　　基因测序领域中的IT挑战
　　最新的第三代基因测序仪不只测得更准，更能够大幅下降基因测序的成本。如今，即使是普通家庭也能够几乎没有经济负担的完成一次基因测序。而基因测序已经成为中国人关注健康，提高生活品质的流行手段。
　　我的基因测序市场规模的扩展让将来组的业务在短短几年中取得了飞速的进展。目前，将来组已经发展为国内最大的第三代基因测序公司。
　　不过蓬勃发展的我的基因测序业务和大量的科研工做也让将来组的IT设施受到了巨大的挑战。
　　虽然第三代基因测序仪能够同时进行大量基因片断的快速测序，但因为人类DNA序列长度达到30亿，若是将其转化为文本，那么这个文件最保守的大小也要达到3GB。而若是考虑到必要的冗余因素，这个文件的体积还要成倍的增长。如此规模的数据量对存储系统的容量提出了极高的要求。
　　将来组目前已经拥有两台第三代基因测序仪，而将来这一数字将增加至五台。基于现有的业务增加速率，这意味着仅在我的基因测序业务中，天天的数据产生量就高达300TB至600TB。
　　能够说任何本地系统的扩容速度都没法追上这种规模的数据增加。惟一的出路只有云!
　　华为以全面IT技术助力健康新时代
　　通过反复比对和考察，将来组最终选择将华为云做为将来存储的主阵地。
　　目前，将来组已经与华为云合做打通了从测序仪到华为云端存储的数据传输通道，测序仪获得的基因组数据能够直接存储在华为云上。凭借华为云极强的资源拓展能力，大规模的基因测序工做不会再受到存储系统容量的限制，将来组的业务发展也获得了有利的保障。
　　同时，武汉将来组生物科技有限公司IT中心总监朱赢也表示：在探索基因测序数据云端存储方法的过程当中，华为云提供了很是完善的技术支持服务。而华为云在业务上的响应速度也是将来组全部接触过的云服务商中最快的。这让将来组与华为之间创建起了很是好的合做和信任关系。
　　不只如此，将来组还正与华为在更多领域开展联合探索：
　　在一个名为“华夏万人SV”的基因测序计划中，样本数量达到了空前的一万个。使用现有系统，每一个样本都须要至少360个核小时来将DNA片断重组为完整的DNA序列，这意味着整个项目须要将近400万核小时的时间来完成计算。而经过使用华为提供的100台32核心高性能服务器进行72小时满负荷测试，整个DNA片断重组需4万个核小时就能够完成所有计算工做，效率提高100倍。
　　同时，将来组还在积极尝试利用华为昆仑小型机产品所具有的海量内存来提高DNA片断重组计算任务的运行效率。
　　朱赢表示：将来，将来组还会尝试使用华为云所提供的异构计算服务来加速DNA片断重组的计算工做，并结合容器技术来进一步提高效率。基于华为云，将来组还将开发一套面向基因测序分析报告的移动APP，让用户能够更方便、更快速的调取基因测序结果，得到更好的用户体验。
　　有人说基因工程和生物科技极可能是第四次工业革命的主要方向，而如今，咱们正站在这场革命的门口。
　　写在最后，笔者认为随着生命科学领域的全面发展以及数据中心的全面云化，生命科学行业云化发展是大势所趋。云计算的到来，使数据以及计算所有能够在云上完成，知足企业数据不下云，高效完成企业的计算需求，减小企业重资产以及维护的工做，使客户更聚焦在自身的业务发展上。
　　在基因测序领域，以数据分析、云计算为主导的IT技术已经成为驱动行业创新、变革的重要因素。快速的技术革新和应用，使得医生能够基于病患的基因信息、生活环境和生活方式，提供更为精准的诊断和治疗。经过强大的资源、完整而先进的产品组合以及强大的服务能力，华为以及华为云正在为将来组这样的生物科技公司铺就一条混合IT的高速公路，让更健康、更美好的将来可以尽快到来。
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