rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件，其最大特色是考虑了replicate，还针对配对样本（在医学方面不少都是tumor和normal配对）创建了统计模型，如此以来，获得的结果相对来讲也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of differential
alternative splicing from replicate RNA-Seq data 》，软件的下载和使用参见http://rnaseq-mats.sourceforge.net/index.htmlhtml
在分析的到最终结果时，虽然软件官网有对结果的介绍，但看到结果开始一脸懵逼。ios
现结合本身的理解，记录下，防止之后又忘了flex
fromGTF.XX.txt系列：spa
应该是直接从GTF文件和数据文件读出的结果.net
SE：skipped exoncode
RI：retained intronorm
MXE:mutually exclusive exonshtm
A5SS:alternative 5' splice siteblog
A3SS:alternative 3' splice site事件
fromGTF.novelEvents.XX.txt:从数据文件发现的新的可变剪切事件
XX.MATS.JC.txt和XX.MATS.JCEC.txt是JC.raw.input.XX.txt和JCEC.raw.input.XX.txt通过统计模型分析后的结果，多了p值和FDR值
至于xx.txt文件头文件的含义，在biostar上已经有人回答的很是清楚了
ID GeneID geneSymbol chr strand riExonStart_0base riExonEnd upstreamES upstreamEE downstreamES downstreamEE ID IJC_SAMPLE_1 SJC_SAMPLE_1 IJC_SAMPLE_2 SJC_SAMPLE_2 IncFormLen SkipFormLen PValue FDR IncLevel1 IncLevel2 IncLevelDifference