ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

 

首发于“生信补给站” https://mp.weixin.qq.com/s/fm69bw-3cww1YEW_kBcTHQ

更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，关注有惊喜😄。

 

拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死以前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。“想要个人宝藏吗？若是想要的话，那就到海上去找吧，我所有都放在那里。”，世界开始迎接“大海贼时代”的来临。

 

ggforce是ggplot2的扩展包，“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。先将总体分为几个重要的“版图”，而后根据“线索”重点放大后在此区域进行精细“搜寻”，最终找到“ONEPIECE”！😄

 

一 载入数据，R包

#载入R包
library(tidyverse)
library(ggforce)
library(nycflights13)
#使用airports数据集
head(airports)
​
# A tibble: 6 x 8
  faa   name                        lat   lon   alt    tz dst   tzone        
  <chr> <chr>                     <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr> <chr>        
1 04G   Lansdowne Airport          41.1 -80.6  1044    -5 A     America/New_~
2 06A   Moton Field Municipal Ai~  32.5 -85.7   264    -6 A     America/Chic~
3 06C   Schaumburg Regional        42.0 -88.1   801    -6 A     America/Chic~
4 06N   Randall Airport            41.4 -74.4   523    -5 A     America/New_~
5 09J   Jekyll Island Airport      31.1 -81.4    11    -5 A     America/New_~
6 0A9   Elizabethton Municipal A~  36.4 -82.2  1593    -5 A     America/New_~
​

绘制基础图形

p <- airports %>%
  filter(lon < 0, tzone != "\\N") %>%
  ggplot(aes(lon, lat, color = tzone)) + 
  geom_point(show.legend = FALSE)  
p

能够看到不一样的tzone使用不一样的颜色标识出来了，那若是给每一个tzone加一个轮廓应该会更方便的区分。

二 ggforce绘制轮廓

1 添加轮廓

geom_mark_...()系列函数可以很是简单的围绕数据组绘制轮廓,如下四个参数能够绘制不一样的轮廓：

• geom_mark_circle()

• geom_mark_ellipse()

• geom_mark_hull()

• geom_mark_rect()

使用geom_mark_rect()，以每一个时区为组绘制圆角矩形轮廓

p + geom_mark_rect() 

2 添加标签，箭头

在上述轮廓的基础上添加标签和指向箭头，试试看效果如何

p + geom_mark_rect(aes(label = tzone)) 

标签和箭头的位置被优化了，此外背景默认为白色，指示符为线条加文本，很容易知道每一个组的标签。

 

3 更改主题设置

ggforce做为ggplot2的扩展包，也能直接使用ggplot2的主题设置

p + geom_mark_rect(aes(label = tzone), show.legend = FALSE) +
  theme_void() 

4 hull-k 加强

然而不少状况下，围绕组绘制矩形或圆形是不理想的，此时就须要geom_mark_hull()函数来围绕数据组的轮廓绘制更复杂的多边形。

#使用hull须要加载concaveman包
library(concaveman)
p + geom_mark_hull(aes(label = tzone)) +
  theme_void() 

1）优化：fill函数添加轮廓中颜色，show.legend去掉legend

2）优化：expand调整轮廓大小，theme_no_axes只保留边距

使用expand参数中使用units()参数命令调整轮廓的大小。

对于白色背景或在线文章（基本上都是白色背景），很难肯定绘图的边距。theme_no_axes()只保留边框能够较好的解决这个问题。

p + geom_mark_hull(aes(label = tzone, fill = tzone), 
show.legend = FALSE, expand = unit(3, "mm")) +
  theme_no_axes() 

 

三 ggforce区域放大

若是“宝藏”的区域就在上述的位置之一（全图展现），如今发现更可能在某个区域，那就使用facet_zoom()函数放大或聚焦在特定区域。

1）xlim和ylim设置聚焦区域

#xlim和ylim，基于坐标聚焦区域
p + facet_zoom(xlim = c(-155, -160.5), ylim = c(19, 22.3))

2）基于特定项设置聚焦区域

#结合filter函数，基于特定项聚焦区域
p + facet_zoom(xy = tzone == "Pacific/Honolulu",zoom.data = tzone == "Pacific/Honolulu")

注：原图中Pacific/Honolulu不展现。

 

四 总体展现

 

p + geom_mark_hull(aes(label = tzone, fill = tzone), show.legend = FALSE, expand = unit(3, "mm")) +
 theme_no_axes() +
 facet_zoom(x = tzone == "America/Los_Angeles",zoom.data = tzone == "America/Los_Angeles")

好了 ，如今就完成了根据“组”添加轮廓，再重点“zoom”特定区域。

其实能够作不少事情，遇到须要区别，重点展现的案例不妨试一下！

◆ ◆ ◆ ◆ ◆

精心整理（含图版）|你要的全拿走！有备无患 （R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）

 

【以为不错，右下角点个“在看”，期待您的转发，谢谢！】