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R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
时间 2021-01-16
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clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库。 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数。 一个常见
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