nipype处理核磁数据(二)——FSL、FreeSurfer的安装

nipype处理核磁数据(二)——一些插件的安装

1.FSL

第一步：安装

在安装成功NeuroDebiian后，直接在终端输入下列语句，过程当中y/n选择均选y。

sudo apt-get install fsl

第二步：配置环境变量

利用终端调出.bashrc文件，在文件末尾添加下列代码并保存

#FSL
FSLDIR=/usr/share/fsl
. ${FSLDIR}/5.0/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/5.0/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

第三步：检测    在终端输入fsl,出现下图就成功了。版本信息能够改变

2.FreeSurfer

第一步：安装包

①.下载地址：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download

②.拷贝安装包(freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz)到/usr/local目录并解压

#copy to /usr/local
cd /home/username/donwloads
sudo cp freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz /usr/local  

#unzip package
cd usr/local
sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

第二步：安装

①.在下载安装包的网页获取许可证： 点击页面中“Follow this link to obtain a license key” 蓝色字体，填好后会收到回信 复制信中以下图黄色部分

在终端打开.license文件，将复制内容粘贴在该文档末尾，保存后关闭。

sudo gedit /usr/local/freesurfer/.license

②.配置环境变量

终端输入语句，在打开的文档末尾添加

sudo gedit /etc/profile

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer #添加内容

终端输入sudo gedit /etc/bash.bashrc，在文档末尾添加下列语句保存

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

第三步：测试

在终端输入：

#Test 1
freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz \
         -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
         -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
         -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
         -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red \
         -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red

#Test 2
tksurfer bert lh pial -curv -annot aparc.a2009s.annot

测试1后会出现：

若是不出现，则在终端运行

cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
sudo ln -s libjpeg.so.8 libjpeg.so.62
sudo ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3