安装使用pyclone进行克隆演化推断

pyclone介绍

  能够根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number，推断出有该突变的细胞克隆所占的比例（cellular prevalence）在不一样样品间的变化。好比：

每一个cluster包括一些突变，它们在各个样品中克隆比例有着一致的变化

安装Conda

从官网下载Conda
有两个选择，一个是带有python 2.7的Miniconda ，带有python 3.6的Miniconda3 ，经本人电脑测试Miniconda3使用pyclone会出现问题，所以建议安装带python2.7的Miniconda
直接bash下载的文件安装
Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
按照操做，第一步输入yes赞成协议，而后能够选择安装路径，默认本地家目录，同时相应的python也会自动安装到目录

安装pyclone

按照官网说明安装pyclone
conda install pyclone -c aroth85
成功运行以下

[ywliao@WS02 utilities]$ PyClone 
usage: PyClone [-h] [--version]
               {setup_analysis,run_analysis,run_analysis_pipeline,build_mutations_file,plot_clusters,plot_loci,build_table}
               ...
PyClone: error: too few arguments

运行测试文件

进入test/examples文件夹

PyClone run_analysis_pipeline --in_files SRR385938.tsv SRR385939.tsv SRR385940.tsv SRR385941.tsv --working_dir pyclone_analysis

在pyclone_analysis文件下会生成以下文件夹或文件

config.yaml   #指定用于PyClone分析的设置文件
plots/    #包括生成的所有图
tables/   #包括生成的所有表格
trace/    #包括MCMC抽样算法的原始痕迹
yaml/   #存放yaml突变文件的文件夹，用于PyClone分析

输入的tsv文件的格式

tab分隔存在header的文件，包括如下几列

• mutation_id，一个可以识别突变的单一ID，好比chr22:12345或者TP53_chr17:753342
• ref_counts，突变位点的reference reads数
• var_counts，突变位点的variant reads数
• normal_cn，正常population的细胞拷贝数，对于人类常染色体来讲是2，对于人类性染色体来讲是1或2
• minor_cn， 肿瘤细胞的minor拷贝数，通常从WGSS或者芯片的数据预测出
• major_cn，肿瘤细胞的major拷贝数，通常从WGSS或者芯片的数据预测出

若是你没有minor copy number 和 major copy number，那么minor copy number设为0而major copy number设置为预测的总的拷贝数。
除了上述的列，其它列会自动忽略
使用PyClone run_analysis_pipeline -h查看帮助

绘制进化树

若是pyclone的可视化没法知足你的须要，好比说你须要绘制进化树，可使用supra hex；能够参考http://suprahex.r-forge.r-project.org/demo-PyClone.html
这里提供一个将pyclone中的loci.tsv结果文件转换成supr hex能直接处理的矩阵的R函数

library(data.table)
library(supraHex)

Loci_tsv_To_Input <- function(dt){
  dc <- dcast(dt, formula = mutation_id ~ sample_id, value.var = "cellular_prevalence")
  dt_out <- dc[,-1]
  rownames(dt_out) <- dc[,1]
  return(as.matrix(dt_out))
}

dt <- fread("~/project/PE/Clone/tsv/Guoyuqin/tables/loci.tsv")
data <- Loci_tsv_To_Input(dt)

#build and visualise the bootstrapped tree
tree_bs <- visTreeBootstrap(t(data))

参考资料

pyclone usage：https://bitbucket.org/aroth85/pyclone/wiki/Usage
pyclone文献：https://www.nature.com/articles/nmeth.2883
suprahex处理pyclone结果：http://suprahex.r-forge.r-project.org/demo-PyClone.html

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