MySQL_第三方数据库引擎_tokudb

时间 2019-11-16

标签 mysql 第三方数据库引擎 tokudb 栏目 MySQL 繁體版

原文原文链接

前阵子迁移zabbix到tokudb，整理部分操做笔记到这篇博文。html

若是转载，请注明博文来源： www.cnblogs.com/xinysu/ ，版权归博客园苏家小萝卜全部。望各位支持！

1 tokudb引擎介绍

特性：高压缩，可支持多个汇集索引，支持ACID、MVCC，使用 Fractal Tree 索引
优势：

- fractal tree 能够再了解下，对随机IO有很是大的改善做用
  - fractal tree 能够快速插入及删除，在随机IO方面的性能比 B-tree的性能更优
- 高压缩，官网给出最大25倍
  - 对数据及索引进行压缩，根据数据的可压缩性，官网给出的最大压缩比是 25 倍
- 在线索引建立，建立期间，insert delete的DML支持，update呢？
- 在线列增长删除重命名，修改期间，insert delete的DML支持，update呢？
- 在线备份
- 多个汇集索引
- 无io读复制
  - TokuDB slave能够配置，让来自master修改能够最小化。经过记录fractal tree索引：
  - Insert/update/delete操做能够控制取消read-modify-write的行为，而后注入消息到合适的fractal tree。
  - Update/delete操做能够配置取消须要io的一致性检查。
  - 为了使用使用无io读复制，服务须要配置：
  - 在replication master：
  - 设置为binlog行模式:BINLOG_FORMAT=ROW
  - 在replication slave:
  - Slave必须为只读：read_only=1
  - 取消一致性检查：tokudb_rpl_unique_checks=0
  - 关闭查找(read-modify-write) ：tokudb_rpl_lookup_rows=0
  - 能够在一个或者多个slave上配置。只要master使用了基于行的复制，优化在tokudb slave就可用。也就是说若是master使用innodb或者myisam表也是可用的。
- 无损化，少碎片
  - 4Mb为单位进行存储
- 快速恢复
  - 恢复时长少于1min

2 Tokudb安装

2.1 percona mysql安装

1 下载最新percona mysql二进制包

2 解压

tar zvxf Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101.tar.gz

3 软链接

ln -s /opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101 /usr/local/pmysql

4 创建用户及用户组

groupadd mysql

useradd -g mysql -s /sbin/nologin -d /usr/local/mysql/ -M mysql

5 创建文件夹

mkdir -p /data/mysql/pmysql3330/{data,tmp,logs}

6 数据库配置文件

pmysql3330.cnf

7 受权
[root@sutest242 percona]# chown -R mysql:mysql /usr/local/pmysql/
[root@sutest242 percona]# chown -R mysql:mysql /opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101
[root@sutest242 percona]# chown -R mysql:mysql /data/mysql/pmysql3330/

8 看是否须要配置环境变量

vim /etc/profile

PATH=$PATH:/usr/local/pmysql/bin

source profile

9 初始化实例

/usr/local/pmysql/bin/mysqld --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf --initialize

10 检查是否安装有问题

vim /data/mysql/pmysql3330/data/error.log

11 启动数据库实例

/usr/local/pmysql/bin/mysqld --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf &

12 修改密码

cat /data/mysql/pmysql3330/data/error.log | grep password

/usr/local/pmysql/bin/mysql --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p

alter user root@localhost idnetified by '******';

flush privileges;

2.2 安装 jemalloc，管理内存

https://github.com/jemalloc/jemalloc/releases 找个最新版本安装就能够了

wget https://github.com/jemalloc/jemalloc/releases/download/5.0.0/jemalloc-5.0.0.tar.bz2

tar xjf jemalloc-4.2.1.tar.bz2

cd jemalloc-4.2.1

./configure

make && make install

echo '/usr/local/lib' > /etc/ld.so.conf.d/local.conf

解压过程当中若是报错以下，请安装 bzip2 包：yum install -y bzip2

[root@sutest242 percona]# tar -xjf jemalloc-4.2.1.tar.bz2

tar (child): bzip2: Cannot exec: No such file or directory

tar (child): Error is not recoverable: exiting now

tar: Child returned status 2

tar: Error is not recoverable: exiting now

安装成功后，在数据库配置文件中的mysqld_safe模块，添加引用libjemalloc.so，记得须要先找下这个文件的实际位置，而后cp或者ls一份到/usr/lib64目录下。

在数据库配置文件中添加引用

   [mysqld_safe] 
 
   malloc-lib=/usr/lib64/libjemalloc.so.1

注意，数据库关闭后，须要用mysqld_safe启动服务，使用 jemalloc 管理内存。

   [root@sutest242 jemalloc-5.0.0]# /usr/local/pmysql/bin/mysqladmin --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p shutdown 
 
   Enter password: 
 
   [root@sutest242 jemalloc-5.0.0]# ps axu | grep pmysql 
 
   root     12418  0.0  0.0 112648   964 pts/1    S+   10:29   0:00 grep --color=auto pmysql 
 
   [root@sutest242 jemalloc-5.0.0]# cd /usr/local/pmysql/ 
 
   [root@sutest242 pmysql]# ./bin/mysqld_safe --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf & 
 
   [1] 13745 
 
   [root@sutest242 pmysql]#  mysqld_safe Adding '/usr/lib/libjemalloc.so.1' to LD_PRELOAD for mysqld 
 
   2017-06-24T02:31:06.679622Z mysqld_safe Logging to '/data/mysql/pmysql3330/data/error.log'. 
 
   2017-06-24T02:31:06.685066Z mysqld_safe Logging to '/data/mysql/pmysql3330/data/error.log'. 
 
   2017-06-24T02:31:06.788240Z mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /data/mysql/pmysql3330/data

2.3 修改transparent_hugepage

tokudb引擎须要启动透明大页，更好的提供内存管理。node

   [root@sutest244 percona5718]# cat /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled 
 
   [always] madvise never

须要修改成never，若是不修改，使用tokudb引擎的时候，会在error.log中报错

   Transparent huge pages are enabled, according to /sys/kernel/mm/redhat_transparent_hugepage/enabled 
 
   Transparent huge pages are enabled, according to /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled

配置以下：

   echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled 
  
 echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag

2.4 安装tokudb引擎跟percona client

官网下载后安装。

 
   rpm -ivhPercona-Server-shared-57-5.7.17-13.1.el6.x86_64.rpm 
  
   rpm -ivhPercona-Server-client-57-5.7.17-13.1.el7.x86_64.rpm 
  
rpm -ivhPercona-Server-server-57-5.7.17-13.1.el6.x86_64.rpm
 
  rpm -ivh --force --nodeps Percona-Server-tokudb-57-5.7.17-13.1.el7.x86_64.rpm

2.5 启用tokudb存储引擎

安装tokudb引擎后，会提示启动指令语法以下：

   * This release of Percona Server is distributed with TokuDB storage engine. 
  
   * Run the following script to enable the TokuDB storage engine in Percona Server: 
  
     ps_tokudb_admin --enable -u <mysql_admin_user> -p[mysql_admin_pass] [-S <socket>] [-h <host> -P <port>] 
  
   * See http://www.percona.com/doc/percona-server/5.7/tokudb/tokudb_installation.html for more installation details 
  
   * See http://www.percona.com/doc/percona-server/5.7/tokudb/tokudb_intro.html for an introduction to TokuDB

使用 ps_tokudb_admin指令：

ps_tokudb_admin --enable -uroot -p --sock=/tmp/pmysql.sock --defaults-file=/data/mysql/mysql3306.cnf

若是正常，则是如下显示，不正常的话，看下前面的安装步骤是否是少了

   Checking if Percona server is running with jemalloc enabled... 
  
 >> Percona server is running with jemalloc enabled. 
  
 Checking transparent huge pages status on the system... 
  
 >> Transparent huge pages are currently disabled on the system. 
  
 Checking if thp-setting=never option is already set in config file... 
  
 >> Option thp-setting=never is not set in the config file. 
  
 >> (needed only if THP is not disabled permanently on the system) 
  
 Checking TokuDB plugin status... 
  
 >> TokuDB plugin is not installed. 
  
 Adding thp-setting=never option into /etc/mysql/my.cnf 
  
 >> Successfuly added thp-setting=never option into /etc/mysql/my.cnf 
  
 Installing TokuDB engine... 
  
 >> Successfuly installed TokuDB plugin.

安装生产后，能够在

   SHOW PLUGINS; 
 
   SHOW ENGINES;

TokuDB Version

   root@localhost:pmysql3330.sock  10:42:50 [(none)]>SELECT @@tokudb_version; 
 
   +------------------+ 
 
   | @@tokudb_version | 
 
   +------------------+ 
 
   | 5.7.17-13        | 
 
   +------------------+ 
 
   1 row in set (0.00 sec)

3 文件管理及分析

3.1 安装tokudb引擎后的新增文件

在数据目录中，新增了8个文件

    [root@sutest242 data]# pwd 
  
    /data/mysql/pmysql3330/data 
  
    [root@sutest242 data]# ls -lh | grep tokudb 
  
    -rw-r-----. 1 mysql mysql  16K Jun 24 10:42 tokudb.directory 
  
    -rw-r-----. 1 mysql mysql  16K Jun 24 10:42 tokudb.environment 
  
    -rw-------. 1 mysql mysql    0 Jun 24 10:42 __tokudb_lock_dont_delete_me_data 
  
    -rw-------. 1 mysql mysql    0 Jun 24 10:42 __tokudb_lock_dont_delete_me_environment 
  
    -rw-------. 1 mysql mysql    0 Jun 24 10:42 __tokudb_lock_dont_delete_me_logs 
  
    -rw-------. 1 mysql mysql    0 Jun 24 10:42 __tokudb_lock_dont_delete_me_recovery 
  
    -rw-------. 1 mysql mysql    0 Jun 24 10:42 __tokudb_lock_dont_delete_me_temp 
  
    -rw-r-----. 1 mysql mysql  16K Jun 24 10:42 tokudb.rollback

tokudb.environment：tokudb赢取的环境变量存储文件，像建立时间、当前版本号
tokudb.rollback：每个tokudb的事务，都有本身的回滚日志，具体回滚日志分配相关信息记录在这里
tokudb.directory：映射文件夹的名字

3.2 tokudb文件管理

能够统一把tokudb的数据文件存储在某个文件夹下，参数是 tokudb_data_dir

能够统一把tokudb的临时文件存储在某个文件夹下，参数是 tokudb_tmp_dir

能够统一把tokudb的日志文件存储在某个文件夹下，参数是 tokudb_log_dir

如何迁移：

1. 关闭数据库服务
2. 配置文件中添加或者修改 tokudb_data_dir、tokudb_tmp_dir、、、
3. 建立 tokudb 文件的存储目录
4. 移动文件
  1. 移动 *.tokudb 文件跟 __tokudb_lock_dont_delete_me_data 到新的存储目录
  2. 移动 __tokudb_lock_dont_delete_me_temp 到新的存储目录
  3. 移动到新的 log*.tokulog* files and your __tokudb_lock_dont_delete_me_logs file 存储目录
5. 启动数据库服务器
6. 查看文件的存放位置
  1. SELECT dictionary_name, internal_file_name FROM INFORMATION_SCHEMA.TokuDB_file_map;

3.3 问题分析

https://www.percona.com/doc/percona-server/5.7/tokudb/tokudb_troubleshooting.html

information_schema库里边的相应系统视图分析

    root@localhost:pmysql3330.sock  17:15:33 [information_schema]>show tables like '%tokudb%'; 
  
    +-----------------------------------------+ 
  
    | Tables_in_information_schema (%tokudb%) | 
  
    +-----------------------------------------+ 
  
    | TokuDB_fractal_tree_block_map           | 
  
    | TokuDB_lock_waits                       | 
  
    | TokuDB_trx                              | 
  
    | TokuDB_file_map                         | 
  
    | TokuDB_locks                            | 
  
    | TokuDB_fractal_tree_info                | 
  
    | TokuDB_background_job_status            | 
  
    +-----------------------------------------+ 
  
    7 rows in set (0.00 sec)

4 备份

tokudb如何备份呢？

单表也可使用mysqldump。全库呢？ tokudb引擎全库备份，官方版本是使用 tokudb_backup 引擎来进行，支持在线热备。也就是，须要另外安装这个引擎，安装相对简单，使用 ps_tokudb_admin + 重启数据库服务预加载引擎 + ps_tokudb_admin。

4.1 安装备份引擎

首先，确保数据库是启动正常状态，执行ps_tokudb_admin，若是数据库配置文件 cnf不是在 /etc/my.cnf，须要手动指定 --defaults-file，避免没法找到配置文件写入 preload-hotbackup。

 
    [root@sutest242 pmysql]# ps_tokudb_admin --enable-backup --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p*** --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf 
   
     Checking SELinux status... 
   
     INFO: SELinux is in permissive mode. 
   
     Checking if Percona Server is running with jemalloc enabled... 
   
     INFO: Percona Server is running with jemalloc enabled. 
   
     Checking transparent huge pages status on the system... 
   
     INFO: Transparent huge pages are currently disabled on the system. 
   
     Checking if thp-setting=never option is already set in config file... 
   
     INFO: Option thp-setting=never is not set in the config file. 
   
           (needed only if THP is not disabled permanently on the system) 
   
     Checking if preload-hotbackup option is already set in config file... 
   
     INFO: Option preload-hotbackup is not set in the config file. 
   
     Checking TokuDB engine plugin status... 
   
     INFO: TokuDB engine plugin is installed. 
   
     Checking TokuBackup plugin status... 
   
     INFO: TokuBackup plugin is not installed. 
   
     Adding preload-hotbackup option into /data/mysql/pmysql3330.cnf 
   
     INFO: Successfully added preload-hotbackup option into /data/mysql/pmysql3330.cnf 
   
     PLEASE RESTART MYSQL SERVICE AND RUN THIS SCRIPT AGAIN TO FINISH INSTALLATION!

这个时候，能够看到提示：Successfully added preload-hotbackup option into /data/mysql/pmysql3330.cnf，查看配置文件，在 mysqld_safe 配置中，添加多了一行配置：preload-hotbackup。

     [mysqld_safe] 
   
    preload-hotbackup 
   
     malloc-lib=/usr/lib/libjemalloc.so.1

重启数据库服务，使用 mysqladmin关闭，mysqld_safe 启动

       
     [root@sutest242 pmysql]# /usr/local/pmysql/bin/mysqladmin --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p shutdown 
   
     Enter password: 
   
     2017-06-26T03:48:20.192200Z mysqld_safe mysqld from pid file /data/mysql/pmysql3330/data/mysql.pid ended 
   
     [1]+  Done                    ./bin/mysqld_safe --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf 
   
     [root@sutest242 pmysql]# ./bin/mysqld_safe --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf & 
   
     [1] 10069 
   
     [root@sutest242 pmysql]#  mysqld_safe Adding '/usr/lib/libjemalloc.so.1' to LD_PRELOAD for mysqld 
   
      mysqld_safe Adding '/usr/lib64/libHotBackup.so' to LD_PRELOAD for mysqld 
   
     2017-06-26T03:50:32.005677Z mysqld_safe Logging to '/data/mysql/pmysql3330/data/error.log'. 
   
     2017-06-26T03:50:32.013350Z mysqld_safe Logging to '/data/mysql/pmysql3330/data/error.log'. 
   
     2017-06-26T03:50:32.099577Z mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /data/mysql/pmysql3330/data

这里有个地方注意下， libHotBackup.so 记得要cp到 /usr/lib 或者 /usr/lib64的目录下，否则mysqld_safe启动数据库的时候，会报错以下：

     mysqld_safe Adding '/usr/lib/libjemalloc.so.1' to LD_PRELOAD for mysqld 
   
     mysqld_safe Adding '/opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101/lib/libHotBackup.so' to LD_PRELOAD for mysqld 
   
     mysqld_safe ld_preload libraries can only be loaded from system directories (/usr/lib64, /usr/lib, /usr/local/pmysql/lib)

这种状况下，它检查到安装目录下有 libHotBackup.so 引擎文件，会使用这个加载，须要把这个文件拷贝到 /usr/lib64 或者 /usr/lib，再从新加载这个文件，而后再次执行 mysqld_saft启动服务。

     cp /opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101/lib/libHotBackup.so /usr/lib/libHotBackup.so 
   
     mv /opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101/lib/libHotBackup.so /opt/percona/Percona-Server-5.7.17-13-Linux.x86_64.ssl101/lib/libHotBackup.so.bak

数据库启动后，安装备份引擎

     [root@sutest242 pmysql]# ps_tokudb_admin --enable-backup --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p 
   
     Enter password: 
   
     Checking SELinux status... 
   
     INFO: SELinux is in permissive mode. 
   
     Checking if Percona Server is running with jemalloc enabled... 
   
     INFO: Percona Server is running with jemalloc enabled. 
   
     Checking transparent huge pages status on the system... 
   
     INFO: Transparent huge pages are currently disabled on the system. 
   
     Checking if thp-setting=never option is already set in config file... 
   
     INFO: Option thp-setting=never is not set in the config file. 
   
           (needed only if THP is not disabled permanently on the system) 
   
     Checking if preload-hotbackup option is already set in config file... 
   
     INFO: Option preload-hotbackup is set in the config file. 
   
     Checking TokuDB engine plugin status... 
   
     INFO: TokuDB engine plugin is installed. 
   
     Checking TokuBackup plugin status... 
   
     INFO: TokuBackup plugin is not installed. 
   
     Checking if Percona Server is running with libHotBackup.so preloaded... 
   
     INFO: Percona Server is running with libHotBackup.so preloaded. 
   
     Adding thp-setting=never option into /etc/my.cnf 
   
     INFO: Successfully added thp-setting=never option into /etc/my.cnf 
   
     Installing TokuBackup plugin... 
   
     INFO: Successfully installed TokuBackup plugin.

检查

     root@localhost:pmysql3330.sock  14:34:21 [(none)]>show plugins; 
   
     ...... 
   
     | TokuDB                        | ACTIVE   | STORAGE ENGINE     | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_background_job_status  | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_file_map               | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_fractal_tree_block_map | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_fractal_tree_info      | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_locks                  | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_lock_waits             | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | TokuDB_trx                    | ACTIVE   | INFORMATION SCHEMA | ha_tokudb.so     | GPL     | 
   
     | 
    tokudb_backup                 | ACTIVE   | DAEMON             | tokudb_backup.so | GPL     | 
   
     +-------------------------------+----------+--------------------+------------------+---------+ 
   
     59 rows in set (0.00 sec)

4.2 备份tokudb

实例备份

配置前提
- 若是实例含有innodb引擎的表格，须要关闭 innodb异步io的变量 innodb_use_native_aio，避免出现数据不一致，没法恢复的备份。这个变量只能在配置文件中添加，属于readonly变量
- 创建备份文件夹，这个文件夹必须是为空、受权备份文件夹可写，由于备份的时候，须要写入及建立文件夹，因此对其所在的文件夹须要有权限
- 注意，tokudb_back对自己引擎的表格，支持对单独存储的 tokudb_data_dir\ tokudb_log_dir \binary log备份，可是，不支持不支持不支持 innodb或者myisam引擎的表格另外存储，也就是全部的InnoDB存储引擎，MyISAM，及其余文件必须在MySQL datadir
- tokubackup不备份MySQL的配置文件（S）
- tokubackup不支持增量备份

配置
- 在配置文件中设置 innodb_use_native_aio = OFF，重启数据库实例，这里注意，启动数据库须要到 /usr/local/pmysql 目录下，执行 ./bin/mysqld_safe --defaults-file=/data/mysql/pmysql3330.cnf
- 创建文件夹 /data/backup/pmysql3330 ，并受权
- - chown -R mysql:mysql /data/backup

备份分为2中，一种是实例备份，一种是指定备份，目前tokudb_backup仅支持整个实例备份，支持混合引擎，指定备份，目前采用mysqldump方法。

实例备份
- set tokudb_backup_dir='/data/backup/pmysql3330';
- 执行这个指令则开始备份，备份过程当中，支持读写，
备份出错验证

     root@localhost:pmysql3330.sock  10:57:13 [(none)]>select 
    @@tokudb_backup_last_error; 
   
     +----------------------------+ 
   
     | @@tokudb_backup_last_error | 
   
     +----------------------------+ 
   
     |                         13 | 
   
     +----------------------------+ 
   
     1 row in set (0.00 sec) 
   
     root@localhost:pmysql3330.sock  10:57:30 [(none)]>select 
    @@tokudb_backup_last_error_string; 
   
     +---------------------------------------------------+ 
   
     | @@tokudb_backup_last_error_string                 | 
   
     +---------------------------------------------------+ 
   
     | tokudb backup couldn't create needed directories. | 
   
     +---------------------------------------------------+ 
   
     1 row in set (0.00 sec)

表格备份

     [root@sutest242 local]# /usr/local/pmysql/bin/mysqldump --socket=/tmp/pmysql3330.sock -uroot -p --set-gtid-purged=OFF --databases toku --tables tbback_toku > /tmp/tbback_toku.sql 
   
     Enter password:

实例备份后还原
- tokudbback没有特定的函数进行数据恢复，可使用cp或者sync到数据目录，或者直接使用备份目录
- 注意权限修改

     rsync -avrP /data/backup/ /var/lib/mysql/ 
   
     chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql